Имамура родился в префектуре Токио в семье преуспевающего практикующего врача.
В 1951 году после окончания филологического факультета университета Васэда Имамура был принят на работу в киностудию «Сётику» в должности ассистента режиссёра, пройдя жесточайший конкурсный отбор (из 2000 претендентов были отобраны только 8 человек). Поднявшись вверх по служебной лестнице в «Сётику» и работая преимущественно с Ясудзиро Одзу, Имамура тем не менее постоянно испытывал чувство неудовлетворённости от работы как в материальном, так и в творческом отношениях. В результате в 1954 году он покинул «Сётику» и перешёл на киностудию «Никкацу», где сразу же почувствовал разительное отличие от сверхдогматичной организации работы, принятой в прежней киностудии.
В 1957 году Имамура ассистировал режиссёру Юдзо Кавасима в работе над его шедевром «Солнце последних дней сёгуната», а также написал сценарий к фильму Кирио Ураяма «Улица с куполом». Несмотря на высокую оценку критиков фильмов «Свиньи и броненосцы» (1961), «Женщина-насекомое» (1963), «Красная жажда убийства» (1964) и других своих ранних работ, в 1960-х Имамура некоторое время, лишённый заказов на новые фильмы, жил в полной нищете, голодая и страдая от язвы желудка.
30 мая 2006 года в возрасте 79 лет Имамура скончался от рака печени в одной из токийских больниц.
Дважды обладатель «Золотой пальмовой ветви» (1983, 1997) Каннского кинофестиваля.