Родился в 1964 году в Чабиле (провинция Дхекхе) на северо-востоке страны, в семье последователей суфийского течения Аль-Идрессийя, принадлежащих к ветви Абгааль клана Хавийе (одного из двух крупнейших кланов страны).
Религиозное образование Шейх Шариф получил в школе, открытой египетским университетом Аль-Азхар, который пользуется высочайшим авторитетом в мусульманском мире. Когда в 1991 году в Сомали началась гражданская война, он уехал в Судан, чтобы завершить высшее образование. В Судане он вступил в ряды организации «Братья-мусульмане».
Проучившись два года в университете Курдуфана, Шариф отправился в Ливию, где в 1998 году получил степень по шариатским наукам. Вернувшись в столицу Сомали Могадишо, он некоторое время работал учителем географии.
В 2002 году Шейх Шариф был одним из основателей Союза шариатских судов, которому за короткий промежуток правления в 2006-м удалось восстановить мир и безопасность в истерзанной войной стране.
Когда в декабре 2006-го вторгшиеся эфиопские войска свергли правивший Союз и установили шаткое временное правительство, он удалился в изгнание в Эритрею.
В 2007 году Шариф был избран главой оппозиционного Альянса нового освобождения Сомали. В октябре 2008 года Альянс подписал соглашение с временным правительством о совместном управлении, наметившее путь к выводу из страны эфиопских войск. Месяц спустя Шейх Шариф впервые за два года вернулся в расположенный в 90 км к северу от Могадишо город Джоухар, оплот его сторонников, оставленный эфиопскими войсками.
31 января 2009 года находящийся в Джибути парламент избрал Шейха Шарифа Шейха Ахмеда президентом Сомали.