Детство Штефана Рузовицки прошло в Дюссельдорфе, где его отец работал инженером-станкостроителем. После того, как семья Рузовицки вернулась в Австрию, Штефан учился в академической гимназии «Spittelwiese» в Линце. Далее Рузовицки изучал театроведение и историю в Венском университете и снял многочисленные музыкальные клипы, например для «'N Sync» («Tearin' up my heart»). С 1999 года состоит в браке с Биргит Штурм, у них двое детей. Семья проживает в Клостернойбурге.
Режиссёрский и одновременно сценаристский дебют Штефана Рузовицки в игровом кино состоялся в 1996 году в фильме «Tempo», который был отмечен премией Макса Офюльса. За ним последовал фильм «Наследники» (1998) — заслужившая похвалу кинокритики драма из крестьянской жизни в период между двумя мировыми войнами. Рузовицки снял два немецких фильма — «Анатомия» (2000) и «Анатомия 2» (2003). Только в Германии «Анатомию» посмотрело в кинотеатрах более двух миллионов зрителей.
На Берлинале-2007 Рузовицки представил свой новый фильм «Фальшивомонетчики». Драма из жизни концентрационного лагеря получила благоприятную критику. 22 января 2008 года фильм «Фальшивомонетчики» был номинирован на премию «Оскар» как лучший иностранный фильм, и 24 февраля 2008 года на церемонии вручения премии «Оскар» фильм был назван лучшим фильмом 2007 года на иностранном языке.