Работал разнорабочим в Сургуте и Нижневартовске. Переехал в Одессу. Окончил филологический факультет Одесского Государственного Университета.
В 1971 году послал свою первую повесть Борису Стругацкому и получил его одобрение. Первый рассказ (юмореска «Психоз») был опубликован в 1975 году. Произведения малоизвестного автора привлекают внимание Бориса Хазанова и Штерн начинает сотрудничество с журналом «Химия и жизнь». В период с 1976 года и до конца 1980-х он напечатал несколько научно-фантастических рассказов: «Фокусники» (1976), «Дом» (1980), «Чья планета?» (1980) и другие.
С начала 1990-х годов Борис Штерн начинает больше печататься. Расширяется его жанровый диапазон — он обращается к сказкам, сатире, социальной и реалистической прозе. Одно из наиболее известных произведений того периода повесть «Записки динозавра», а также продолжение цикла рассказов о приключениях инспектора Бел Амора.
Выходят сборники Бориса Штерна «Кто там?», «Рыба любви» и другие. Издаётся роман «Эфиоп», который получает премию «Бронзовая Улитка». Однако в ноябре 1998 года он неожиданно умирает. Роман про инспектора Бел Амора «Вперёд, конюшня!» вышел уже после смерти автора.
Борис Штерн — лауреат премии «Старт» за сборник «Чья планета?», был признан лучшим фантастом Европы (до него этой чести в Восточной Европе удостаивались лишь братья Стругацкие и Станислав Лем). В 1999 году на конгрессе фантастов России «Странник» писателю посмертно присуждена премия «Паладин фантастики».