Родился в семье врача Якова-Арона Анатольевича Лурья и Миры Соломоновны Ратнер. Брат — Иона Яковлевич Лурье.
Вскоре после окончания университета принял лютеранство, однако в марте 1917 г. вернулся к иудаизму.
Работал в Ленинградском университете. В годы борьбы с «космополитизмом» вынужден был покинуть Ленинград, переехал в Одессу, где стал работать в Одесском Институте иностранных языков (1950-1952 гг.). Затем переехал во Львов, где до самой смерти в 1964 г. был профессором кафедры классической филологии Львовского университета.
С. Я. Лурье был одним из крупнейших исследователей общественных отношений античности и древнегреческой науки, особенно Демокрита. Оставил богатое творческое наследие: свыше 200 научных работ, в том числе более 20 книг-монографий.
Как лингвист, ещё в 1940-е гг. поддержал гипотезу о греческом языке надписей критского Линейного письма Б, позднее выступил активным сторонником дешифровки данного письма, предложенной Майклом Вентрисом и Джоном Чедвиком. Во многом благодаря его работам советские историки внесли значительный вклад в изучение древнейшего (микенского) периода Греции.
Сын — советский историк и литературовед Яков Соломонович Лурье. Внуком С. Я. Лурье является петербургский историк, писатель и журналист Лев Лурье. Двоюродный брат — советский физик и механик-теоретик Анатолий Исаакович Лурье.
В Санкт-Петеребургском филиале архива РАН создан фонд С. Я. Лурье, где в том числе хранится его переписка.