Козьма Спасский-Автономов вместе с братом Михаилом были одними из первых отечественных ученых, которые занимались климатологией и метеорологией. Козьма Спасский-Автономов был членом Русского географического общества,, большая часть его работ посвящена краеведению и описанию путешествий.
Похоронив умершую жену в Тифлисе, Козьма Федорович Спасский-Автономов по распоряжению властей прибыл с детьми в Баку 27 июля 1847 года., где в чине действительного статского советника стал начальником бакинского таможенного карантина. Продолжал начавшиеся в 1830 году исследования уровня Каспийского моря, оставил многочисленные очерки о городе и его обитателях.