Спайк Ли родился 20 марта 1957 года в семье джазового музыканта и школьной учительницы в Атланте, штат Джорджия. Настоящее имя Шелдон Джексон (он ещё в школе выбрал себе псевдоним англ. Spike — «шип»). Когда ему исполнилось 6 лет, семья переезжает в Бруклин. Ли окончил колледж «Мурхаус» (Morehouse College), где снял свой первый короткометражный фильм. В 1982 г. окончил киношколу Нью-Йоркского университета.
В 1985 г. Ли начинает работу над фильмом «Ей это нужно позарез». С бюджетом в 160 тыс. долларов фильм был снят за две недели. Фильм выходит в 1986 г. и получает награду на Каннском кинофестивале при сборах более 7 млн долларов в кинотеатрах США. После этого компания «Nike» предлагает Ли снимать для неё рекламу.
Ли приглашают в Голливуд, и в 1988 г. он снимает фильм «Школьное изумление», который становится первым фильмом, сделанным чернокожим режиссёром на крупной киностудии. Следующий его фильм «Делай, как надо!» (1989) получил номинацию на «Оскар» за лучший сценарий и «Золотой глобус» за лучший сценарий и лучшую режиссуру.
В 1989 г. Ли основал собственную кинокомпанию. В 1992 г. вышел биографический фильм «Малькольм икс» с Дензелом Вашингтоном в главной роли, за которую тот получил номинацию на «Оскар». Фильм рассказывает о националисте, лидере чернокожих мусульман — Малколме Иксе. Режиссёр был обвинён в расизме и антисемитизме.