В 1928 году Ю.Спегальский поступил в Ленинградский Высший художественно-технический институт (ЛВХТИ, быв. Академию художеств), а после его реорганизации и ликвидации архитектурного факультета продолжил обучение на архитектурном факультете Ленинградского института инженеров коммунального строительства (ЛИИКС, впоследствии ЛИГИ, ЛИСИ, СПбГАСУ).
С 1936 года работает в отделе охраны памятников при Леноблисполкоме.
в 1939-1940 гг. проводит восстановительные работы на Гремячей башне и Вторых палатах Меншиковых.
В блокадном Ленинграде участвует в работах по маскировке и ремонту куполов Никольского Морского собора, шпилей Адмиралтейства, Инженерного замка, Петропавловского собора.
Блокадной зимой 1942-1943 гг. он создает блистательную серию рисунков «По Пскову XVII века», где научная реконструкция памятников сочетается с мастерством тонкого графика. Работа эта была представлена на выставке 1944 года и вызвала восхищение специалистов. Уже тогда Спегальский обдумывает концепцию архитектурного заповедника, которую он впоследствии применит при научном восстановлении Пскова. Отчасти применению концепции Спегальского послевоенный Псков обязан своей красотой и цельностью, своему самобытному облику.
В 1944-1947 гг. работает в Пскове, где под его руководством и непосредственном участии реставрируются церкви Николы со Усохи и Богоявления с Запсковья.
В 1947 г. вынужденно покидает Псков. В 1950-е гг. Спегальский участвует в ремонтных работах на здании главного корпуса Публичной библиотеки и обмерные работы под куполом церкви Ильи Пророка на Пороховых, обследовал высотную часть Александровской колонны на Дворцовой площади; в составе бригады верхолазов участвовал в разборке дымовых труб Монетного двора (1954 г.) В начале июня 1956 г. Ю.П.Спегальский совместно с О. П. Тихоновым обследует конструкции малого купола Исаакиевского собора (выс. 101 м). В июне 1957 г. обследовал в составе бригады шпиль Петропавловского собора.
Похоронен на Мироносицком кладбище (на Завеличье).
Печатные труды Ю. П. Спегальского
Книги
Псков. Историко-художественный очерк. Л.- М.: «Искусство». 1946 г.
Псковские каменные жилые здания. М. — Л.: Издательство Академии наук СССР. 1963 г.
Псков. — Л.- М.: «Искусство». 1963 г. (Серия «Архитектурно-художественные памятники городов СССР»).
Псков. Художественные памятники. — Л.: «Лениздат». 1972 г. — 272 с. 50.000 экз.
Жилище Северо-Западной Руси IX—XIII вв. Л.: «Наука». 1972 г.
Дом Печенко. Псков: «Лениздат» Псковское отд-ние. 1973 г.
По Пскову XVII века. Альбом рисунков. Л.: «Лениздат». 1974 г.
Каменное зодчество Пскова. Л.: «Стройиздат». 1976 г.
Псков. Изд. 2-е. — Л.: «Искусство». 1978 г. (Серия «Архитектурно-художественные памятники городов СССР»).
Статьи
"Значение памятников древнепсковской архитектуры". Сборник губернского бюро и Псковского общества краеведения «Познай свой край». Вып. III. Псков. 1927 г.
"Памятники зодчества в Пскове". Памятники искусства, разрушенные немецкими захватчиками в СССР. Сборник статей под ред. Грабаря И.Э. М.- Л. 1948 г.
"Псковские керамические киоты". Краткие сообщения Института археологии (КСИА). Вып. 81. М., 1960 г.
"Происхождение пониженных подпружных арок церкви Козьмы и Дамиана с Примостья". Памятники культуры. Исследование и реставрация. Вып. 2. М.: Издательство АН СССР. 1960 г.
"Реконструкция церкви Николы со Усохи в Пскове". Памятники культуры. Исследование и реставрация. Вып. 3 М.: АН СССР. 1961 г.
"Здание кожевенного завода XVII века в Пскове". Краткие сообщения Института археологии (КСИА). Вып. 87. М.: АН СССР. 1962 г.
"Псковские часовни-усыпальницы". Краткие сообщения Института археологии (КСИА). Вып. 99. М.- Л. 1964 г.
"Церковь Богоявления с Запсковья". Культура и искусство Древней Руси. Сборник статей. Л. 1967 г.
"Вариант Псковского храма XVI века: Церковь Ильи Пророка в бывшем погосте Торошино". Древнерусское искусство. Художественная культура Пскова. М. 1968 г.
"Церковь Василия на Горке в Пскове". Советская археология. М. 1970 г. № 2.
"К вопросу о взаимовлиянии деревянного и каменного зодчества Древней Руси". Архитектурное наследство. № 19. М.: "Стройиздат". 1972 г.
Николы со Усохи
Богоявления с Запсковья
Память о Юрие Павловиче
Улица Спегальского (до 1982 г. - Михайловская) во Пскове.
Музей-квартира Ю. П. Спегальского. Октябрьский пр., д. 14, кв. 74. Открыт 2-го декабря 1986 г.
Памятная доска в Пскове на стене дома, где он жил и работал в сентябре 1968 г. - январе 1969 г.
Памятная доска в С.-Петербурге на стене дома по Малой Конюшенной ул., д. 2, где он жил и работал в 1948—1968 гг. (открыта в 2001 г.)
2009 год по почину общественности решением Псковской городской Думы был объявлен в Пскове "Годом Спегальского".