Родился в семье сельского учителя. Учился в гимназии в Торуни, затем в Вонгровце. Изучал сначала архитектуру, затем медицину в Берлине (1889—1890). Был редактором социал-демократического еженедельника «Gazeta robotnicza» (1892—1893). Вращался в кругах международной артистической богемы, был знаком с Эдвардом Мунком и Августом Стриндбергом. В 1893 женился на норвежской пианистке Дагни Юль, жил в Норвегии, бывал в Стокгольме, Осло, Копенгагене. В 1897 вернулся в Берлин, в 1898 путешествовал по Испании, ненадолго останавливался в Париже. В 1898 обосновался в Кракове, возглавил польское модернистское движение «Молодая Польша». В 1899 опубликовал в журнале «Жизнь» (?ycie) манифест антиреалистического и антидемократического искусства «Confiteor». Дагни бросила Пшибышевского в 1900 г., 5 июля 1901 она была убита в Тбилиси юным любовником Владиславом Эмериком. В 1901 Пшибышевский перебрался в Варшаву.
В 1903—1904 путешествовал по России вместе с театральной труппой, ставившей его драмы. Побывал в Петербурге, Киеве и Одессе. В 1905 повторно женился на Ядвиге Каспрович. Жил в Торуни, затем в Мюнхене (1906—1919), путешествовал по Европе. В 1918 вернулся в Польшу. Служил в Дирекции почт и телеграфов в Познани (1919—1920), Польских железных дорог в Гданьске (1920—1924), с 1924 в гражданской канцелярии президента в Варшаве.
Скончался 23 ноября 1927 года.
Его сын от незаконного брака с Марфой Фердер, Пшибышевский, Болеслав Станиславович, (22 февраля 1892, Берлин — 21 августа 1937, Москва) после самоубийства его матери в 1896 году попал в Варшаву к матери Пшибышевского, где учился в консерватории. Во время первой мировой войны был как гражданин Пруссии вывезён в Орск. После Октябрьской революции попал в Москву, где преподавал в Коммунистическом университете национальных меньшинств Запада имени Мархлевского. В 1929—1931 — директор Московской консерватории. Обвинённый в гомосексуализме, попал на три года на стройку Беломоро-Балтийского канала. Арестован 1 марта 1937 года, Военной коллегией Верховного Суда 21 августа 1937 приговорен к расстрелу по обвинению в шпионаже и подготовке террористического акта (приговор приведен в исполнение в тот же день). Реабилитирован 15 сентября 1956 года.
Испытывал влияние взглядов Ф. Ницше, пропагандировал крайний модернистский эстетизм и эротизм. В драматургии ориентировался на Ибсена, Метерлинка, Стриндберга.
Начал писать на немецком языке (литературно-критические эссе, поэмы в прозе, символистско-натуралистические романы). Позднее перевёл ряд первоначально написанных на немецком языке произведений на польский язык — поэма в прозе «Totenmesse» («Заупокойная месса», 1893), на польском языке «Requiem Aeternam» (1901); трилогия романов «Homo sapiens», немецкая версия 1895—1896, польская 1901; «Satanskinder», «Дети сатаны», 1897, на польском языке «Dzieci szatana» 1899, и другие. Один с самых выдающихся создателей периода Молодой Польши, редактор краковского журнала «Жизнь» (1898—1901). Его романы «Синагога сатаны» и «Дети сатаны» предвосхищают поиски Джеймса Джойса или Марселя Пруста.
Автор символистских драм «Dla szcz??cia» («Во имя счастья», 1900), «Гости» (1901), «Z?ote runo» («Золотое руно», 1901), «?nieg» («Снег», 1903).