Сначала беспрепятственно занимался учением и проповедовал, но в 1595 подвергся немилости и запретам со стороны митрополита киевского Михаила Рагозы, сторонника унии, за издание книги под названием: «Книжица на римский костел». Зизаний протестовал и был заключен в темницу, откуда бежал по дымовой трубе. Православный собор 1596 оправдал Зизания и осудил отступника митрополита Михаила. После смерти митрополита Зизаний опять становится учителем Виленской школы. Его учёные труды, кроме вышеназванной книги: «Изложение веры», «Казанье святого Кирилла об антихристе и знаках его, с расширением науки против ересей розных» (изданное в Вильне на белорусском и польском языках) и неизданное сочинение «Защита православия от папизма» (Синодальная рукопись № 274).