Родился в Де-Мойн (штат Айова, США), оба родителя — из семей еврейских иммигрантов из Российской империи.
В 2009 году ученый посещал Белоруссию, был в музее истории и культуры евреев Белоруссии.
Предки ученого жили в XVIII веке в городах Минск, Шклов, Могилев, Пружаны и Мир. В конце XIX века прадедушка Стенли, юрист Вульф Прузинер, проживавший в Москве, был вынужден уехать в Америку из-за выселения евреев из Москвы.
В 1997 году Нобелевская премия по физиологии и медицине в области медицины досталась американцу Стенли Прузинеру за выдающееся открытие прионов — нового биологического источника инфекции, и за объяснение основных принципов его действия.
Стенли Прузинер добавил прионы в список хорошо известных инфекционных агентов, таких как бактерии, вирусы, грибы и другие паразиты. В нормальных условиях прионы — это безвредные клеточные белки, однако, они обладают природной способностью превращаться в устойчивые структуры, являющиеся причиной нескольких смертельных заболеваний головного мозга у людей и животных.
Прионовые болезни могут быть наследственными, передаваться от больного к здоровому животному или человеку, или возникать спонтанно. Пораженный участок мозга имеет характерную губчатую структуру, свидетельствующую об обширном поражении нервных клеток, что приводит к выраженным неврологическим симптомам, таким как снижение тонуса мышц, слабоумие, потеря памяти и бессонница.
Что же касается открытия Стенли Прузинера, то оно к тому же помогает понять биологические механизмы других деменций (по-латыни — приобретённое слабоумие), таких, например, как болезнь Альцгеймера и, возможно, скоро позволит создать новые лекарства и новую стратегию лечения заболеваний, которые обессиливают мозг и делают его беспомощным.