Родился и вырос в Лондоне, в районе Пимлико (англ. Pimlico), где в своё время разворачивались события романа Лавкрафта «The Horror in the Museum». Ещё будучи школьником увлёкся литературой в жанре ужаса и фэнтези. В середине 60-х годов он увлечённо читал журналы комиксов. С 1967 года начинает покупать и коллекционировать книги в жанре хоррор. Начало коллекции положили книги издательства Arkham House. В 1970 году Джонс вступил в Британское общество Фэнтези (англ. British Fantasy Society), где подключился к составлению сборников и антологий. Первыми литературными опытами Джонса стала подготовка выпусков бюллетеня и журналов сообщества.
Стивен Джонс — практически бессменный составитель ряда престижных сборников и антологий в жанре ужасов, в том числе:
Кроме того, Джонс составлял или принимал участие в составлении ещё более чем десяти антологий, в том числе работал вместе с Нилом Гейманом и Рэмси Кэмпбеллом.
Собственное творчество Стивена Джонса малоизвестно. Его немногочисленные рассказы появлялись в британских периодических изданиях, однако никогда не выходили в виде отдельной книги.
Джонс — составитель и редактор (вместе с Кимом Ньюманом) книги критических эссе «Хоррор: 100 лучших книг» (1988 год) и (вместе с Рэмси Кэмпбеллом) её продолжения «Хоррор: ещё 100 лучших книг» (2005 год). Его перу принадлежат также монографии о творчестве таких авторов, как Клайв Баркер, Джеймс Герберт, Бэзил Коппер и о влиянии творчества Говарда Лавкрафта на литературу ужасов Британии. Также он выступил как кинокритик, составив обзоры фильмов о чудовищах, экранизаций произведений Стивена Кинга и приняв участие в создании путеводителя по серии фильмов «Восставший из ада».
Стивен Джонс является также телевизионным продюсером и консультантом по жанровому кино. Он участвовал в создании фильмов «Восставший из ада» (части I—III), «Ночной народ», «Потрошитель разума» и др.