Стюарт Гордон родился 11 августа 1947 года в Чикаго. В период обучения в школе занимался рекламой и в течение 6 месяцев иллюстрировал этикетки для бутылок Кока-Колы для местной фирмы. В дальнейшем обучался актёрской профессии в университете Висконсина в г.Мэдисон, а в 1968 году, учась на последнем курсе, поставил скандальную пьесу по мотивам сказки «Питер Пен». Скандальность её заключалась в том, что Питером Пеном был хиппи, Тинкер Белл был гомосексуалистом, а путешествие в Нетландию — галлюцинацией под воздействием ЛСД. Пьеса принесла определённый успех Гордону — его арестовали и университет ему закончить не удалось.
После отчисления Гордон вернулся в Чикаго и вскоре стал одним из соучредителей Органического театра, который впоследствии стал довольно известен. Гордон поставил множество спектаклей в качестве режиссёра. Его постановки отличались различными новшествами, революционностью, иногда они шокировали. Одним из самых успешных спектаклей стал «Платок!» (англ. Warp), на создание которого Гордона вдохновили комиксы «Marvel», однако Гордон не получил прав на использование ни на одного из персонажей компании и ему пришлось выдумывать своего. Спектакль имел два продолжения — «Доктор Странность» (англ. Dr. Strange) и Тор (англ. Thor). Не менее странным был спектакль «Кровавая Бесс» (англ. Bloody Bess), в котором главной героиней была пиратка-лесбиянка.
В 1985 году Гордон знакомится с начинающим кинопродюсером Брайаном Юзнау и тогда же состоялся его режиссёрский кинодебют «Ре-аниматор» (по мотивам рассказа Лавкрафта), который был снят всего за 20 дней. Затем Гордон пишет сценарий и снимает ещё один «лавкрафтовский» фильм ужасов — «Извне». В 1987 году выходит очередной его «хоррор» — «Куклы» по оригинальному сюжету, который рассказывает о куклах-убийцах. В 1989 году Гордон временно отходит от ужасов и пишет сценарий для комедии «Дорогая, я уменьшил детей». Впоследствии его же сценарий использовался при съёмках сиквела «Дорогая, я увеличил ребёнка».
В 1990 году по своему сценарию он снимает постапокалиптический фильм «Робот Джокс». В этом же году выходит экранизация произведения Эдгара По «Колодец и маятник». В 1993 году выходит фильм «Бастион», который повествует о тюрьме будущего. В 1995 и 1996 выходят два его фильма ужасов — «Урод в замке» и «Дантист» (к последнему Гордон написал только сценарий).
В 1997 году выходит фильм Космические дальнобойщики — смесь комедии и фантастики. Бюджет его стал самым большим для Гордона на то время — 30 млн долларов. Вскоре он снимает новый фильм ужасов по Лавкрафту, который мечтал снять на протяжении 15 лет — Дагон.