О детстве и семье Иоанна сохранилось немного сведений. Известно, что он родился в достаточно обеспеченной семье в маленьком городке Альмодовар-дель-Кампо неподалёку от Толедо. В молодости он обучался праву в университете Саламанки, однако вернулся домой, прервав обучение. Затем в 1520—1526 изучал философию и богословие в Алькале. По окончании занятий был рукоположен в священники.
В 1527 г. он собирался отправиться в Мексику в качестве миссионера, однако епископ Севильи убедил его в том, что проповеднический дар Иоанна пригодится и на родине. Иоанн поселился в Севилье, где скоро приобрёл славу знаменитого проповедника.
В 1532 г. по навету завистников был арестован, год провёл в тюрьме, в 1537 г. был оправдан. После оправдания жил в Гранаде, где основал несколько учебных заведений. Долгое время проповедовал на территории Андалусии, в связи с чем его также называют «апостолом Андалусии». Иоанн встречался и поддерживал дружеские отношения со многими знаменитыми современниками, переписывался с Игнатием Лойолой и Терезой Авильской. Под влиянием его проповеди пережил обращение Иоанн Божий, Иоанн Авильский после этого стал его духовным наставником.
Весьма обширно писательское наследие Иоанна. Его богословские работы и сборники проповедей пользовались большой популярностью, многократно переиздавались и переводились на другие языки.
Иоанн умер в 1569 г. в Монтилье.
и многие другие.
Кроме этих работ перу Иоанна также принадлежат сборники проповедей, послания о духовной подготовке священников, а также обширная переписка.
В 1894 г. беатифицирован, в 1970 — канонизирован. В 2011 году папа римский Бенедикт XVI во время своего визита в Испанию объявил, что вскоре намерен провозгласить Иоанна Авильского Учителем Церкви. Иоанн Авильский объявлен Католической Церковью святым покровителем испанских священников, день памяти — 10 мая.