Разносторонне одаренный, Стефанидес, помимо занятий наукой и медициной, также получил признание и в греческой, и в англоязычной литературе как поэт, писатель и переводчик; он перевел на английский язык значительное число греческих поэтических и эпических произведений.
В области биологии открыл три новых вида микроорганизмов, названных по его имени: Cytherois stephanidesi, Thermocyclops stephanidesi и Schizopera stephanidesi. Его труды по пресноводной флоре и фауне острова Корфу до сих пор считаются наиболее авторитетными.
Теодор Стефанидес родился в Индии в греческой семье, приехавшей из Фессалии. Ранние годы провёл в Бомбее. В возрасте 11 лет, когда его отец вышел на пенсию, вернулся с семьёй в Грецию, на остров Корфу, где выучил греческий язык.
Во время Первой мировой войны Стефанидес служил артиллеристом, воевал на Македонском фронте. Затем участвовал в войне против Турции 1919—1922 годов.
В 1925 и 1926 годах опубликовал две книги переводной поэзии, но решил избрать другую профессию и в 1929 году отправился в Париж, чтобы изучать медицину.
Стефанидес вернулся на Корфу в 1930 году и открыл первый на острове рентген-кабинет. Вскоре после этого он женился на Марии Александер, внучке бывшего британского консула, имевшей английские и греческие корни.
В 1933 году, по заданию органов здравоохранения Корфу, занялся полевыми исследованиями с целью установления мест, требующих проведения антималярийных мероприятий. Примерно в это время, в 1936 году, Стефанидес был представлен семье Дарреллов, в том числе Джеральду и Лоуренсу Дарреллам, для которых стал другом на всю жизнь. Позднее Стефанидес организовал отправку лекарств от Лоуренса Даррелла в британское посольство на Кипре (о чём упомянуто в книге «Spirit of Place: Letters and Essays on Travel», 1969). Он также стал одним из первых читателей книг «Моя семья и другие звери» Джеральда Даррелла и «The Greek Islands» Лоуренса Даррелла, став их неформальным, но крайне дотошным редактором.
В 1938 году Стефанидес покинул Корфу и переехал в Салоники. Здесь он поступил на работу в антималярийную службу, организованную Фондом Рокфеллера.
С 1939 по 1945 годы, во время Второй мировой войны, Стефанидес был врачом в медицинском корпусе британской армии в Греции, на Крите, Сицилии и в Сахаре. В своей статье «Climax in Crete» он критиковал военную политику cоюзников. Родители Стефанидеса и многие друзья погибли на Корфу из-за обстрелов и бомбёжек. Жена и дочь Стефанидеса, жившие в Лондоне, из-за налётов германской авиации в 1940-41 годах переехали к Дарреллам в Борнмут.
После войны Стефанидес вернулся к семье в Лондон, получив работу радиолога в госпитале Святого Фомы. Здесь он проработал с 1946 по 1961 год. В 1946 году Стефанидес опубликовал статью «Climax in Crete», получившую широкую известность. В этот же период им были изданы две известные научные работы: «The Microscope and the Practical Principles of Observation» (1947) — руководство по микроскопии, и главный его труд «A Survey of the Freshwater Biology of Corfu and of Certain Other Regions of Greece» (1948).
Вышедшие один за другим сборники стихов «The Golden Face» (1965) и «The Cities of the Mind» (1969) получили тёплый приём и закрепили за Стефанидесом репутацию поэта. В 1973 году был опубликован следующий поэтический сборник «Worlds in a Crucible». Одновременно Стефанидес выпустил множество переводов стихов известного греческого поэта Костиса Паламоса. В завершение этого цикла, уже после смерти Стефанидеса, в 1985 году вышла книга «Kostis Palamas: A Portrait and an Appreciation including Iambs and Anapaests and Ascraeus». Другой широко известный перевод с греческого, поэма «Эротокритос», также вышла посмертно, в 1984 году. Среди других известных книг Стефанидеса — «Island Trails», документальное описание Корфу и Ионических островов, ставшая библиографической редкостью.
Теодор Стефанидес умер 13 апреля 1983 года. Ему посвящены книги: «The Greek Islands» (1978) Лоуренса Даррелла; «Птицы, звери и родственники» (1969) и «The Amateur Naturalist» (1982) Джеральда Даррелла. В посвящении «The Amateur Naturalist» Джеральд Даррелл написал: