Кауфман защитил докторскую диссертацию по лингвистике в Калифорнийском университете в Беркли в 1963 г. Является автором дескриптивных и сравнительно-исторических исследований языков семей майя, сиу, хокских, юто-астекский, михе-сокских и ото-мангских.
Перечень работ Кауфмана относительно невелик по сравнению с работами других специалистов по индейским языкам, возможно, по той причине, что его интерес лежит в области сбора эмпирической документации бесписьменных языков путём полевых исследований и обучения носителей языков. Несмотря на это, многие из его статей, ряд из которых написаны в соавторстве с такими лингвистами, как Лайл Кэмпбелл, Сара Томасон и Джон Джастесон, оказали большое влияние на американскую и мировую лингвистику.
В исследовании 1976 г. в соавторстве с Л. Кэмпбеллом он выдвинул теорию, что ольмеки говорили на михе-сокском языке на основании наличия большого количества михе-сокских заимствований в современных индейских языках Мезоамерики, в особенности в сферах, относящихся к культуре. Теория получила широкое распространение и зачастую цитируется как квази-факт.
Вместе с Л. Кэмпбеллом и Томасом Смит-Старком он провёл исследование, опубликованное в 1986 г. в журнале Language Лингвистического общества Америки. В работе обосновывалась идея о мезоамериканском языковом союзе, которая вскоре получила признание учёных.
В работе «Языковой контакт, креолизация и генетическая лингвистика» (Language contact, creolization, and genetic linguistics, 1988) в соавторстве с Сарой Томасон впервые изложена солидная теоретическая база для понимания процессов изменения языка, вызванного языковым контактом.
Предложенная Кауфманом генеалогия индейских языков Южной Америки (Kaufman 1990), которая считается наиболее подробно проработанной и обоснованной из предлагавшихся, послужила основой для предложенной Л. Кэмпбеллом классификации индейских языков (Campbell 1996).
Вместе с Дж. Джастесоном Кауфман предложил дешифровку эпиольмекского письма (Justeson & Kaufman 1993). Данная дешифровка, однако, встретила критическое отношение среди лингвистов, а также жёсткую критику со сторону Майкла Коу и Стивена Хаустона (Houston & Coe 2004, and Press Release).
В настоящее время Кауфман участвует в Проекте по документации языков Мезоамерики (Project for the Documentation of the Languages of Mesoamerica, PDLMA).