Тофик Бакиханов, потомок рода Бакинских ханов, родился 8 декабря 1930 года в городе Баку в семье Ахмед-аги Бакиханова, народного артиста республики. Музыкальную деятельность он начинал как музыкант скрипач. В 1953 году Т. Бакиханов окончил Азербайджанскую Государственную Консерваторию по классу скрипки, где ему преподавал Фикрет Амиров, а в 1957 году класс композиции, где на этот раз преподавателем Тофика Бакиханова был другой выдающийся композитор — Кара Караев.
В 1950—1953 годах работал скрипачом в трио при Азербайджанской филармонии. С 1953 года был преподавателем и заведующим струнным отделением Бакинского музыкального училища им. А. Зейналлы. С 1966 года заведовал отделом редакции искусства, а с 1968 — редакцией нотно-музыкальной литературы издательства «Азернешр». С 1970 года Т. Бакиханов работал старшим преподавателем кафедры камерного ансамбля и деканом исполнительского факультета Азербайджанской консерватории.
Тофик Бакиханов — автор концертов для скрипки, для виолончели, для флейты, гобоя, двойных концертов, музыкальных комедий. В данный момент композитор является профессором Бакинской музыкальной академии. Начиная с 1969 г. по настоящее время Тофик Бакиханов выступал с авторскими концертами в Париже, Москве, Тбилиси, Стамбуле, Измире, Тегеране и других городах.
В 1968 году на сцене Бакинского театра оперы и балета был поставлен балет Тофика Бакиханова «Каспийская баллада». За ним последовали балеты «Восточная поэма» (1976), «Добро и зло» (1990). 6 симфоний, 5 симфонических поэм, для разных инструментов: 24 сонаты, 26 концертов с симфоническим оркестром, вокальных и инструментальных произведений.