Арайа родился 6 июня 1961 года в Вальпараисо (Чили) и стал четвёртым ребёнком в семье. В 1965 году его отец переехал в Саус Гэйт (англ. South Gate) Калифорния) из-за работы, а когда мальчику исполнилось пять лет, его семья последовала за ним. По слухам он покинул страну из-за политических беспорядков, однако сам музыкант отрицает это, утверждая, что «это случилось в 1971 году, и мы уже были в Соединённых Штатах к тому времени».
В 1981 году Арайя сблизился с Керри Кингом, который предложил Тому присоединиться к его группе Slayer. Арайя согласился, используя в дальнейшем заработанные деньги для финансирования первого альбома группы Show No Mercy.
Арайя попросил разрешения в госпитале на длительный отпуск для проведения первого европейского турне группы в 1984 году, однако получил отказ.
После месяца отсутствия на работе они заявили, что уволят его, на что Арайя ответил: «О, а я думал, что уже уволен»
Slayer выступили хедлайнерами злополучного тура «Clash of the Titans» в 1991 году с Megadeth, Anthrax и Suicidal Tendencies (с Alice in Chains на разогреве). За кулисами лидер Megadeth Дэйв Мастейн сказал Арайе, что ему «понравилось, когда Том сосал его член.» Арайя в ответ назвал его «пидором». Это привело к долгой вражде между группами. В то же время Арайя подружился с гитаристом Alice in Chains Джерри Кентрелом (англ. Jerry Cantrell).
Сейчас Арайя живёт с семьёй на ранчо в Техасе. В 2006 году он был вынужден лечь на операцию на желчном пузыре, из-за чего на несколько дней было перенесено начало североамериканского турне The Unholy Alliance Tour. В 2010 году Том перенес операцию на позвоночнике, теперь его шею удерживают титановые пластины. Сказалась многолетняя «тряска головой» во время живых выступлений. Отныне Том больше никогда не будет трясти головой во время концертов.
Арайя использует усилители Ampeg и гитары ESP. Он один из трех бас-гитаристов, которые имеют именную модель бас-гитары (компания ESP продаёт бас-гитары с автографом Тома), другие два это — Henkka Sepp?l? из Children of Bodom и Фредерик Леклерка из DragonForce.