Том — третий ребёнок в семье, у него две сестры. Одну из сестёр зовут Ление, сейчас она скрывается от популярности брата в Океании. Его мать была актрисой, а отец — инженером. В поисках работы семья часто переезжала, что стало одной из причин трудного детства актёра. Когда Тому было 12 лет, его родители развелись. К 14 годам Том сменил 15 школ в США и Канаде. Окончательно они осели в Глен Ридж, штат Нью-Джерси, где Том закончил среднюю школу.
Актёрскую карьеру начал в 1981 году с небольшой роли в фильме «Бесконечная любовь». Свою первую главную роль, которая принесла ему известность, он получил в блокбастере «Рискованный бизнес» (1983).
После брака с Мими Роджерс Том женится на актрисе Николь Кидман. Встретившись на съёмках фильма «Дни грома» в 1990 году, они не смогли расстаться и в канун Рождества этого же года зарегистрировали свои отношения. На их счету 3 совместные картины: «Дни грома», «Далеко-далеко» и «С широко закрытыми глазами». Самая популярная, красивая, восхитительная и идеальная пара светских хроник распалась в 2001 году после 9 лет и 11 месяцев совместной жизни. От этого брака у Тома осталось двое приёмных детей: дочь Изабелла Джейн и сын Коннор Энтони.
На съёмках фильма «Ванильное небо» завязался роман Тома Круза и Пенелопы Крус, что послужило причиной расставания с Кидман. Весной 2004 года было объявлено о расставании Тома Круза и Пенелопы Крус.
23 мая 2005 года Том побывал на шоу Опры Уинфри. Там он бурно выражал свои чувства к новой подружке, молодой актрисе Кэти Холмс. Том «прыгал по площадке, запрыгнул на диван, падал на одно колено». Этот инцидент получил большую известность и стал предметом пародий, в том числе — в фильме «Очень страшное кино 4».
В ноябре 2005 года вышла серия «Застрявший в чулане» мультсериала «Южный парк», высмеивающая Церковь саентологии, Тома Круза и Джона Траволту. Телеканал Comedy Central отменил повторный показ серии 15 марта 2006 года в последний момент (хотя с тех пор серия всё же была показана неоднократно). Предположительно, Том Круз угрожал компании Paramount отказом от съемок в фильме «Миссия невыполнима 3» в случае повторного показа эпизода (у Paramount и Comedy Central общий хозяин — Viacom). Представители Paramount и Круза отрицают эти догадки, но газета «The Independent» пишет, что «никто не верит ни единому их слову».
В ноябре 2006 года Том Круз и Кэти Холмс поженились, это третий брак Тома. Свадьба прошла в Италии, за полгода до неё — 18 апреля 2006 года — у пары родилась дочь Сури.
В интервью программе Entertainment Weekly Круз назвал психиатрию «нацистской наукой». В интервью журналу Der Spiegel он заявил, что саентологическая программа «Нарконон» — единственная эффективная программа реабилитации наркоманов.
В январе 2008 года в Интернете был выложен ролик, в котором Том Круз рекламирует саентологию. Посетители анонимных имиджборд, ошибочно называемых в прессе «группой хакеров „Аноним(ы)“» сочли действия церкви (она пыталась удалить видео с YouTube) интернет-цензурой и организовала проект Чанология, целью которого декларируется изгнание Церкви саентологии из Интернета.