В переводе с кечуа его имя означает «молодой правитель», так как на трон он взошёл уже в возрасте 17 лет в 1493 году, будучи наследником Тупак Инка Юпанки. Уайна Капак был первым правителем инков, родившимся не в Куско. Он правил до 1527 года и был отцом Нинан Куйочи, Уаскара, Атауальпы, Тупак Уальпы, Манко Инка Юпанки и Пауллу Инка.
За время своего правления Уайна Капак продолжил политику экспансии Империи Инков, начатую его предшественниками. В течение нескольких лет он вёл войну на севере государства, на территории современной Колумбии, а из завоёванного Кито сделал северный форпост империи. Уайна Капаку удалось покорить каньяри, проживавших на территории современного Эквадора.
В 1527 году Уайна Капак и многие воины, находившиеся в Колумбии, заболели занесённой европейскими завоевателями в Центральную Америку оспой. Как и тысячи его солдат и старший сын Нинан Куйочи, от болезни умер вскоре и сам Уайна Капак. Перед смертью он завещал разделить государство между оставшимся старшим сыном Уаскаром и любимым сыном Атауальпой, что противоречило традиции передачи всей власти старшему сыну.
Узнав о смерти и последней воле отца, Уаскар смог на короткое время стать единоличным правителем государства, взяв Атауальпу в Куско под стражу. Тому, однако, удалось бежать и организовать сопротивление, после чего в Империи Инков разгорелась гражданская война, ослабившая её перед появлением испанцев.
Известны некоторые дороги построенные Вайна Капаком: