Уго Фано родился в Турине в богатой еврейской семье. Он был назван в честь деда, который сражался в войне за объединение Италии на стороне Джузеппе Гарибальди. Отец, Джино Фано (), был профессором геометрии Туринского университета. Мать, Роза Кассин (Rosa Cassin), происходила из семьи инженеров и была талантливой художницей и музыкантом. Брат Уго, Роберт Фано (), впоследствии также стал известным учёным, специалистом в области теории информации. Уго был болезненным ребенком и до четвёртого класса учился дома. В двенадцатилетнем возрасте он увлекся ездой на велосипеде, что позволило ему укрепить здоровье. Позже он увлекся туризмом и альпинизмом, много времени проводил на купленной много лет назад дедом вилле близ Вероны (Villa Fano). Среди школьных друзей Уго был Сальваторе Лурия, будущий знаменитый микробиолог и нобелевский лауреат.
После того, как Фано поступил в Туринский университет, его старший кузен Джулио Рака () убедил его заняться физикой и познакомил с Энрико Персико (), под руководством которого Уго защитил докторскую диссертацию в 1934 году. После этого Персико устроил его на работу в группу Энрико Ферми, и Фано переехал в Рим. Здесь его основным наставником стал Эдоардо Амальди. В 1936 году Фано отправился на два года в Лейпцигский университет, где работал под руководством Вернера Гейзенберга. По возвращении он некоторое время работал лектором в Риме, однако активизировавшиеся в Италии гонения против евреев вынудили Уго и его невесту Лиллу Латтес (Lilla Lattes) принять решение об эмиграции. В феврале 1939 года они спешно приняли крещение и были обвенчаны католическим священником, после чего Лилла отправилась в Аргентину, а Уго, после заезда в Париж, присоединился к ней. Там они смогли получить американские визы и в июне 1939 года прибыли в Нью-Йорк.
В США Фано поначалу работал в Вашингтонском институте биофизики, а вскоре переехал в лабораторию Института Карнеги, расположенную в Колд-Спринг-Харбор. Уго вошёл в группу Милислава Демереца () и занимался в основном радиобиологией. Его интерес к вопросам биофизики и генетики восходил к семинару Паскуаля Йордана, состоявшемуся в Риме в 1938 году. Фано также активно сотрудничал с Максом Дельбрюком, познакомив его с Сальвадором Лурией (они впоследствии разделили Нобелевскую премию). После вступления Соединенных Штатов в войну он перешёл на работу в Баллистическую лабораторию, расположенную на Абердинском испытательном полигоне в штате Мэриленд. Вскоре у него родилась дочь Мэри. Всего у Уго и Лиллы было двое детей — обе дочери.
После окончания войны Фано на год покинул Колд-Спринг-Харбор, чтобы поработать в Колумбийском университете над проблемой сложных элементарных процессов, вызываемых излучением в связи с его биологическими эффектами. В 1946 году Уго принял предложение перейти в Национальное бюро стандартов, где продолжал работать до 1966 года. В 1948 году он впервые вернулся в Италию, затем продолжал периодически приезжать на родину. В 1950-е годы вышло две книги его авторства: первая, написанная совместно с женой Лиллой, также физиком по образованию и учителем по профессии, была посвящена педагогически правильному изложению основ атомной физики; в другой, написанной с Джулио Рака, излагалась теория групп в контексте её использования в физике атомных и ядерных столкновений.
В 1966 году, когда было принято решение о переводе Национального бюро стандартов в Гэйтерсберг (штат Мэриленд), Фано не пожелал туда переезжать и принял приглашение Чикагского университета, где продолжал работать до 2000 года. В 1972—1974 годах он возглавлял физический факультет, в 1982 году получил звание почетного профессора (Professor Emeritus). В университете он подготовил большое число студентов и аспирантов, со многими из которых продолжал сотрудничество и после их перехода в другие организации. В 1990—1995 году Фано выполнял обязанности помощника редактора журнала Reviews of Modern Physics. Он скончался в Чикаго в результате осложнений, связанных с болезнью Альцгеймера.