Праут переезжает в Лондон. Работает в . 22 декабря 1812 года получает врачебную лицензию и в начале 1813 года открывает частную практику.
В 1814 году Праут женится на Агнессе Адам (англ. Agnes Adam; 1793—1863), старшей дочери Александра Адама, родившей ему в этом браке семерых детей (считая первую дочь, умершую во младенчестве).
Уильям Праут сочетает деятельность практикующего врача с исследованиями в области химии и физиологии, просыпаясь по деревенской привычке очень рано и до начала приёма пациентов работая в своей химической лаборатории.
В 1815 и в 1816 годах Праут опубликовал анонимно статьи, в который высказал две важнейшие для того времени гипотезы. Он впервые предположил, что атомы химических элементов имеют сложную структуру и что все атомы могут образовываться из простейшего — водорода путём конденсации. Таким образом, веса атомов всех химических элементов должны быть кратны весу атома водорода.
И хотя гипотезы довольно быстро опровергли тем, что доказали, что атомный вес хлора равен примерно 35,5 весам атома водорода, эти гипотезы оказали огромное влияние на развитие современной им науки. Резерфорд, разрабатывая в начале XX века структуру атома, элементарную частицу протон назвал по ассоциации с фамилией Праута. Но и доказательство некорректности гипотез Праута оказалось также неверным — дробный атомный вес хлора был следствием того, что природный хлор является смесью разных изотопов, о существовании которых во времена Праута не знали.
Праут вскоре раскрыл своё авторство, сами гипотезы очень увязаны между собой, поэтому в истории науки остался термин «гипотеза Праута».
До исследований Праута было известно, что содержимое желудка является кислым. Были предположения, что желудок содержит фосфорную, молочную или уксусную кислоту. Праут исследовал содержимое желудка кролика. Накормив, а затем усыпив кролика, он разделил содержимое его желудка на части. Первую порцию он выпарил и озолил в платиновой посуде. Сухой остаток он растворил дистиллированной водой и в этом растворе с помощью азотнокислого серебра определил количество соляной кислоты, связанной со щелочами. Вторую порцию он насытил карбонатом калия, затем выпарил и озолил и обработал так же, как и первую. Праут считал, что во второй порции он определил общее количество соляной кислоты. Третью порцию он нейтрализовал карбонатом калия и по количеству использованного карбоната калия вычислил содержание свободной кислоты.
Таким образом, Праут впервые указал на наличие соляной кислоты в желудочном содержимом. Свои результаты он опубликовал в 1824 году в работе «О природе кислоты и солей в желудке животных».
Научные интересы Праута были очень разнообразны. Кроме перечисленного выше, Прауту сделал следующее: