В честь Стокса названо дыхание Чейна-Стокса. Описал болезнь Стокса-Адамса (или синдром Морганьи-Эдемса-Стокса), связанный с аритмией сердца. Известен также закон Стокса (не путать с законом Стокса в гидродинамике). В 1858 году был избран членом Королевской шведской академии наук.
Сын Стокса — Уитли Стоукс — известный кельтолог; другой сын, Уильям, также стал врачом; дочь, Маргарет, была археологом и писательницей.