Стьюкли был масоном. Его дневники — хороший источник информации о тогдашних масонских церемониях. По конфессии Стьюкли был протестантом..
В 1740 и 1743 гг. соответственно появились важнейшие исторические работы Стьюкли — подробные обзоры Стоунхенджа и Эйвбери. Стьюкли планировал эти две книги как начало многотомной всемирной истории. По его убеждению, гипотетическая «патриархальная религия» была изначальной религией человечества, которая постепенно выродилась в идолопоклонство. Стьюкли считал классическими представителями «патриархальной религии» ранних христиан и друидов.
Научная работа Стьюкли по изучению Стоунхенджа была первой попыткой установить дату происхождения памятника. Работая вместе с известным астрономом Эдмундом Галлеем, он предположил, что строители Стоунхенджа обладали знаниями о магнетизме, и выровняли памятник по направлению на северный магнитный полюс. Стьюкли воспользовался неполными данными по смещению Северного Магнитного Полюса; он предположил, что полюс колеблется с определенной закономерностью. Сегодня известно, что Северный Магнитный Полюс перемещается неравномерным образом. Тем не менее, Стьюкли пришел к выводу, что Стоунхендж был закончен в 460 г. д.н. э., что, как мы знаем, на несколько тысяч лет позднее установленной даты.
Стюкли дружил с Исааком Ньютоном и в 1752 г. написал о нём мемуары. Именно он записал легенду о яблоке, которое якобы натолкнуло учёного на мысль о существовании всеобщего тяготения.