В 1899 переехал в Нью-Йорк. Приобрёл крупное состояние операциями с ценными бумагами различных предприятий.
В 1917 году был послан в Россию в как руководитель Американской миссии Красного Креста. Осенью 1917 г. Томпсоном был выделен 1 млн. долларов на пропаганду эсеровскому «гражданскому комитету грамотности», возглавляемому Е. К. Брешко-Брешковской. Об этом стало известно, и большевистская «Правда» поместила об этих деньгах материал под заголовком «Эсеры и оборонцы на содержании американских банкиров».
Уильям Томпсон умер 27 июня 1930 года. Он похоронен на кладбище Сонная Лощина в Сонной Лощине, Нью-Йорк.