Унаи Эмери — воспитанник футбольного клуба «Реал Сосьедад», но на высшем уровне сыграл всего 5 матчей, проведя почти всю карьеру футболиста в клубах Сегунды. Закончил играть в 2004 году, получив тяжёлую травму колена.
По окончании карьеры футболиста Унаи Эмери получил от руководства своего тогдашнего клуба «Лорка» предложение занять вакантный пост главного тренера. Первый же сезон был для молодого тренера успешным: команда под его руководством заняла 4-е место в дивизионе, поднявшись из Сегунды Б в Сегунду. Не менее успешным был и следующий сезон: «Лорка» заняла довольно высокое для новичка 5-е место, а сам Унаи Эмери заслуженно получил приз Мигеля Муньоса как лучший тренер дивизиона. Следующий сезон Унаи Эмери начал в новой команде: его пригласила «Альмерия». Как показало дальнейшее, руководство клуба не ошиблось с выбором тренера: команда, всего 5 лет назад игравшая в Сегунде Б, вышла в Примеру, а Унаи Эмери второй год подряд был назван лучшим тренером дивизиона. Дебютный для тренера и команды сезон в Примере в целом был успешным: «Альмерия» закрепилась в лиге, заняв 8-е место, а Унаи Эмери по окончании сезона получил предложение возглавить один из грандов испанского футбола — «Валенсию». 22 мая 2008 года тренер подписал с «Валенсией» контракт на 2 года. Несмотря на то, что первый сезон «Валенсии» под руководством молодого тренера получился неровным — команда долгое время шла в лидирующей группе, но под конец сезона, потерпев ряд чувствительных поражений, скатилась на итоговое 6-е место — руководство клуба заверило, что кредит доверия не исчерпан и Унаи Эмери продолжит работу на своём посту и в следующем сезоне. В мае 2010 года, ещё до окончания сезона 2009/10 (по итогам которого «Валенсия» заняла 3-е место и добилась права выступать в следующем розыгрыше Лиги чемпионов), Унаи Эмери продлил соглашение с клубом.