В день восемнадцатилетия Скиннер добровольно поступил на службу в морскую пехоту. Воевал во Вьетнаме, был тяжело ранен и демобилизован.
Был женат на Шэрон Скиннер, развёлся 7 марта 1996 года после 17 лет брака. (3 сезон, 21 серия) Проходил лечение от расстройства сна, заключающегося в повторяющихся видениях старой женщины, возможно, являющейся суккубом.
Регулярно бегает и занимается боксом. Последнее видно в эпизоде «Конец игры» (End Game 2x17), где Скиннер дерётся с Иксом, а также во время нападения Алекса Крайчека со своими людьми (Paperclip 3x02). Несмотря на свой возраст, Скиннер находится в отличной физической форме.
Скиннер живёт в современном многоэтажном доме в Кристал Сити (Вирджиния), пригороде Вашингтона.
Поначалу Скиннер был просто непосредственным руководителем Малдера в его работе над «Секретными материалами». Неясно, был ли он независим в своих действиях или был под контролем у вышестоящего начальства (Курильщика и пр.). В ранних эпизодах частое присутствие Курильщика в офисе Скиннера даёт понять, что Скиннер был как минимум в его частичном подчинении. В конечном счёте Скиннер стал доверять Малдеру и Скалли и стал их союзником. Он пытался противостоять заговорщикам и не раз за это расплачивался.
После того как Скиннер избавился от контроля со стороны Курильщика, его вынудил выполнять чужие приказы Крайчек. Он заразил Скиннера нановирусом, что позволило ему контролировать Скиннера. Двумя годами позже Скиннер избавился от Крайчека, застрелив его при попытке убить Малдера.
На суде над Малдером Скиннер был его защитником. Последнее появление Скиннера в сериале - это разговор с Кёршем и Человеком с зубочисткой в офисе Кёрша. Также он появляется в фильме Секретные материалы: Хочу верить.