Родился 4 октября 1949 года в селе Обиточное Приморского района Запорожской области УССР. С детства увлекался краеведением и археологией.
В 1972 году окончил исторический факультет Московского государственного университета, в 1977 году — аспирантуру Института археологии Академии наук Украины, где защитил кандидатскую диссертацию.
Вклад Юрия Шилова в историческую науку неоднозначен. С одной стороны, в 1999 году он на собственные деньги издал в России не опубликованные ранее труды известного украинского археолога В. Н. Даниленко, а также в 2001 году частично финансировал издание на Украине исследований востоковеда А. Г. Кифишина. С другой стороны, собственные труды Шилова удостоились жёсткой критики со стороны научного сообщества. Даже его первые работы, включая книгу «Космические тайны курганов», подверглись критике за неаккуратное обращение с археологическими данными.
В свою очередь, последующие книги «Прародина Ариев», «Праистория Руси», «Космос древньої України», «Джерела витоків української етнокультури XIX тис. до н. е. — II тис. н. е.», «Праслов’янська Аратта» и многие другие были вообще восприняты как фантастические и не имеющие связи с реальностью.
В частности, М. Ю. Видейко, один из научных сотрудников Института археологии АН Украины и бывший коллега Шилова, оценивает исторические знания Шилова как «неглубокие», а его гипотезы как «легенды, подающиеся под видом исторической концепции». Другой известный украинский археолог, доктор исторических наук Л. Л. Зализняк называет работы Шилова «чистой фантазией» и «новейшими мифами в индоевропеистике Восточной Европы». Наконец, академик Борис Рыбаков назвал книгу «Прародина Ариев» «забавной беллетристикой, но отнюдь не научной работой».
Шилов пытался защитить докторскую диссертацию сначала в Киевском институте археологии, а затем — на кафедре археологии исторического факультета МГУ, но оба раза его работа не была принята к рассмотрению.
После неудачных попыток стать доктором исторических наук, Шилов называет себя академиком «Украинской международной Академии оригинальных идей» и академиком «Православной Русской академии» или просто «народным академиком».
Идеология Юрия Алексеевича Шилова состоит из переплетения