Деятельность
Бегунов занимался исследованиями в архивах и принял участие в 11 археографических экспедициях, в ходе которых было найдено свыше тысячи летописей и книг. Об одной из этих экспедиций по северу России, которую Бегунов возглавил вместе с писателем Д. Балашовым, был снят документальный фильм «Путешествие за древними книгами».
В 1991 году Бегунов совершил поездку с научными целями по Германии, выступив с лекциями в шести университетах этой страны, работал в немецких, французских и швейцарских архивах.
В область научных интересов Бегунова входят славянская филология, русская история, древнерусская литература, национальный фольклор, в 1990-е годы известность Бегунову принесли работы по конспирологии. В частности, Бегунов является сторонником идеи подлинности Протоколов сионских мудрецов, Велесовой книги и существования всемирного заговора.
Считает прародиной тюрков («прабулгар») Восточную Европу.
Избранные публикации
- «Памятник русской литературы XIII века. Слово о погибели русской земли», М-Л., 1965 г., ответственный редактор Д. С. Лихачёв.
- «Козьма Пресвитер в славянских литературах», София, 1973 г.
- «За землю Русскую!», М.,1981 г.
- «Россия героическая», М.,1989 г. (в соавторстве)
- «Сказания Великого Новгорода». Записаны А.Артыновым. Составление, предисловие, комментарии Ю. К. Бегунова. С.-Петербург, 2000 г.
- «Сказания Ростова Великого, записанные Александром Артыновым». Составление, предисловие, комментарии Ю. К. Бегунова. Таллинн - Санкт-Петербург, 2000 г.
- «Александр Невский. Жизнь и деяния святого и благоверного великого князя», М., 2003 г.
- «Сказания Новгорода Великого IX—XIV», С.-Петербург, 2004 г. 877 с.
- Русская история против «новой хронологии». «Антифоменко»., М.,2001 г. 215 с.
- «Тайна беззакония в исторических судьбах России», С.-Петербург, 2002 г., 784 с. (сборник с шестью авторами)
- История Руси. Том 1: с древнейших времен до Олега Вещего. СПб.: Политехника. 2007. 602 с.