В 1998—2000 гг. командовал 160-м гвардейским танковым полком, принимавшим участие во Второй чеченской войне. В декабре 1999 года лично организовал и осуществил операцию по спасению 150 бойцов 84-го отдельного батальона спецназа ГРУ, попавших в окружение у села Дуба-Юрт. В 2003 году Северо-Кавказским окружным военным судом признан виновным в похищении и убийстве 18-летней чеченской девушки Эльзы Кунгаевой. Был осуждён к 10 годам лишения свободы. Следствие и суд над Юрием Будановым имели большой общественный резонанс. Вышел на свободу условно-досрочно в январе 2009 года. 10 июня 2011 года был застрелен Магомедом Сулеймановым в Москве, который согласно данным следствия был связан с так называемой лазанской преступной группировкой, которую возглавляет Хож-Ахмед Нухаев.
Родился 24 ноября 1963 года в г. Харцызске (Донецкая область, Украинская СССР) в семье кузнеца. В 1981 году был призван на срочную службу в ВС СССР, службу проходил в Польше. В 1987 году окончил Харьковское гвардейское высшее танковое командное училище. Проходил военную службу в Венгрии и Белоруссии. В 1995—1999 годах учился в Военной академии бронетанковых войск им. маршала Р. Я. Малиновского.
В период боевых действий против незаконных вооружённых формирований в Чеченской республике в январе 1995 года при взрыве фугаса получил контузию головного мозга.
В августе 1998 года назначен командиром 160-го гвардейского танкового полка, в январе 2000 года получил звание полковника. В октябре и ноябре 1999 года Буданов дважды был контужен при разрыве снаряда и при обстреле танка из гранатомёта.
Кандидат в мастера спорта по самбо. Женат, отец двоих детей.
Арестован 27 марта 2000 года по обвинению в похищении, изнасиловании и убийстве 18-летней Эльзы Кунгаевой. Обвинение в изнасиловании после проведённых экспертиз и показаний участников дела было снято.
Буданов отбывал наказание в 11-м отряде исправительного учреждения ЮИ 78/3 в г. Димитровград Ульяновской области.
В мае 2004 года Юрий Буданов подал прошение о помиловании. 15 сентября 2004 года комиссия по помилованию удовлетворила его ходатайство. Губернатор Ульяновской области Владимир Шаманов подписал ходатайство о помиловании. Решение комиссии вызвало протесты ряда политиков, правозащитников и журналистов. 21 сентября 2004 года в Грозном прошёл митинг, на котором был выражен протест против помилования. Рамзан Кадыров заявил: «если это помилование Буданова произойдёт, мы найдём возможность воздать ему по заслугам». 21 сентября 2004 года Буданов отозвал свою просьбу о помиловании.
В ноябре 2006 года Буданов подал в суд Ульяновской области ходатайство об условно-досрочном освобождении, в просьбе было отказано.
24 декабря 2008 года суд удовлетворил прошение Юрия Буданова об УДО. 15 января 2009 года Буданов вышел на свободу.
После освобождения Буданов устроился на работу руководителем легкового автопарка ГУП «ЭВАЖД» (по эксплуатации высотных домов). Он проявлял строгость к подчинённым. Буданов поселился в доме Управления делами Президента РФ. Эта квартира была ранее предоставлена его семье при содействии генерала В.Шаманова.
На следующий день после убийства с кратким заявлением выступил амир Имарата Кавказ Доку Умаров, в котором он выразил удовлетворение ликвидацией полковника Буданова и предупредил, что «такая же участь ждет всех преступников, которые замешаны в кровавых преступлениях в Чечне и на Кавказе».
По сообщению газеты «Коммерсантъ» 30 августа 2011 года по подозрению в убийстве Буданова арестован известный религиозный деятель Магомед Сулейманов. Издание сообщает, что свидетель опознал задержанного, назначена дактилоскопическая и генетическая экспертизы. М. Сулейманов полностью отрицает свою причастность к преступлению
Отпевание бывшего полковника ВС РФ Юрия Буданова прошло в церкви Святых Бессребреников и Чудотворцев Космы и Дамиана в Химках. Закрытый гроб с телом Буданова вынесли из церкви пронесли вокруг неё, затем погрузили в автомобиль. Похороны состоялись на центральном кладбище Химок.
Юрий Дмитриевич Буданов похоронен на Новолужинском кладбище города Химки, рядом с советскими летчиками, погибшими в ходе Великой Отечественной Войны. (По другим данным, Буданов похоронен не рядом с могилой Советских летчиков-мемориалом Родионова, а на окраине кладбища.)
23 июля на сайте «Кавказ-Центр» появилось сообщение, в котором ответственность за убийство Буданова взяла на себя диверсионно-террористическая группа Риядус-Салихийн.
Со слов бывшего сокамерника Буданова, осужденного за экономические преступления, предпринимателя Олега Марголина, сам Юрий Буданов ему доверительно сказал:
Жена — Светлана Вячеславовна. Дети: сын — Валерий, юрист, лейтенант запаса, дочь — Екатерина (на момент убийства Буданова — 23 года и 11 лет, соответственно). Отец — Буданов Дмитрий Иванович. Мать — Буданова Валентина Валентиновна.
По сообщению НТВ, после выхода из заключения Буданов жил в ближнем Подмосковье.
Юрию Буданову посвящены следующие стихи: