В 1996 году организовал общество с ограниченной ответственностью «Институт учебника «Пайдейя». В 1996—2000 гг. Институтом учебника «Пайдейя» разработаны и выпущены экспериментальные учебники по различным предметам и метапредметам, включая 1 сетевой электронных учебник (интернет-учебник) «Проблемы энергоэффективности», а также организовано более 10 научно-образовательных и социальных интернет-проектов.
В 2000 «За создание практической модели региональной системы разработки и издания учебно-методических средств для обеспечения функционирования и развития образования в г. Москве» (Указ Президента Российской Федерации от 30 сентября 2000 года № 1718) в составе коллектива стал лауреатом премии Президента Российской Федерации в области образования. В основе указанной модели лежит программа Института учебника «Пайдейя» «Московский учебник – 2000».
Ответственный редактор коллективных монографий:
В 1992 году организовал издание альманаха межрегиональной государственности «Россия-2010». В 1993—1997 гг. вышло 7 номеров, посвящённых различным направлениям развития науки, промышленности, обороны, безопасности и образования.
В октябре 2001 года организовал общественное объединение «Образовательное общество», в июне 2002 года общественное движение «Партия России», в июле 2005 — межрегиональное общественное «Движение развития».
В июле 2006 года был избран председателем Организационного комитета по подготовке созыву и проведению учредительного съезда политической партии с предполагаемым наименованием «Партия развития». 14 октября 2006 г. учредительный съезд Партии развития избрал Юрия Крупнова председателем партии. Однако в мае 2007 года партии было отказано в регистрации.
Руководитель разработки проектов «Новая Восточная политика», «Новый Средний Восток», «Дальневосточный космический кластер на базе космодрома Восточный (Свободный)», «Альтернативная усадебная урбанизация», «Тысяча новых городов для России», «Афганская политика России», «Северная цивилизация», «Промышленная доктрина России», «Ядерная доктрина России», «Демографическая доктрина России», «Кавказская доктрина России», «Идентификационная безопасность в системах применения консциентального оружия», «Личность», «Восточный коридор развития» и др., автор многочисленных статей по различным проблемам развития страны.
В 2005 г. Министерство обороны Российской Федерации приняло решение о закрытии космодрома «Свободный» в Амурской области и ликвидации ЗАТО Углегорск, которое обслуживало его работу. В этой ситуации Юрием Крупновым была развёрнута активная борьба за сохранение космодрома.
Согласно заявлению Первого Заместителя Председателя Правительства Российской Федерации Сергея Иванова, «Этот космодром будет создаваться для запуска всех космических аппаратов гражданского и двойного назначения, для пилотируемой российской космонавтики и для перспективных программ изучения небесных тел».
В августе 2008 г. Федерация космонавтики России наградила Юрия Крупнова медалью имени С. П. Королёва за вклад в сохранение и развитие космической деятельности на Дальнем Востоке.
В работе Форума приняла участие представительная делегация из Афганистана в количестве 35 человек, включая вице-президента страны Карима Халили, министра по борьбе с наркотиками генерала Ходайдада, заместителя министра культуры Гулама Наби Фарахи, заместителя министра образования Мохаммада Седика Патмана, ряд крупных афганских чиновников, вице-спикера сената Афганистана Бурхануллу Шинвари, главу сенатского комитета по международным делам Мохаммада Алама Издияра, влиятельных сенаторов и парламентариев Афганистана, председателя провинциального совета Балха Фархада Азими, государственного деятеля и поэта Сулеймана Лаека, президента телеканала «Шамшад», вещающего на языке пушту, Фазеля Карима Фазеля, и многих других политиков и общественных деятелей.
Российская сторона на Форуме была представлена Заместителем Председателя Правительства РФ Игорем Сечиным, секретарём Совета Безопасности РФ Николаем Патрушевым, председателем Государственного антинаркотического комитета и директором ФСКН Виктором Ивановым, заместителем министра промышленности и торговли РФ С. А. Наумовым, а также другими представителями федеральных и региональных органов исполнительной и законодательной власти.
В экономических мероприятиях Российско-Афганского Форума приняли участие более 60 афганских предпринимателей, представляющих как крупные, так и средние и малые афганские компании. Российский бизнес был представлен заместителем председателя правления «Внешэкономбанка» П. М. Фрадковым, вице-президентом «АК «Транснефть» М. В. Барковым, членом правления ГК «Ростехнологии» Ю. Н. Коптевым, руководителем дирекции внешнеэкономической деятельности со странами Дальнего Востока ОАО «ИНТЕР РАО ЕЭС» М. В. Селиховым, руководителем дирекции по зарубежным проектам ОАО «РусГидро» А. Л. Стремоусовым, генеральным директором ОАО «Инженерный центр ЕЭС» С. И. Сеу, заместителем начальника департамента внешнеэкономической деятельности ОАО «Газпром» С. В. Балашовым и другими представителями ведущих российских корпораций и фирм.
Российско-Афганский Форум был первым двусторонним мероприятием такого масштаба за двадцать лет и, по утверждению самого Крупнова, оказал гигантский эффект на улучшение и интенсификацию отношений между Россией и Афганистаном. За организацию и проведение этого Форума Юрий Крупнов получил благодарственное письмо от руководителя Администрации Президента Афганистана Мухаммада Омара Даудзая: