Накануне свержения бухарского эмира в 1920 г. Усман Ходжаев в составе «Центрального Туркестанского бюро партии младобухарцев-революционеров», созданного Ф. Ходжаевым.
После свержения эмира в Бухаре Усман Ходжаев на важных государственных постах в Бухарской народной социалистической республике. Занимал пост народного назира (министра) финансов. В январе 1921 г. назначается на пост назира государственного контроля БНСР. На II съезде Советов БНСР (август, 1921 г.) Усман Ходжаев избирается председателем ЦИКа Советов республики.
В декабре 1921 г. Усман Ходжаев отправляется в Восточную Бухару (Душанбе). Тут он неожиданно переходит на сторону басмачей, которые возглавлялись известным турецким политиком Энвер-пашой. Позже Усман Ходжаев эмигрирует в Афганистан, где становиться одним из лидеров эмигрантов в Кабуле. До конца активно поддерживал басмаческое движение в Бухаре.