Вагиф Мустафаев родился 28 августа 1953 года в Баку. В 1984 году он окончил Высшие курсы сценаристов и режиссёров в Москве. Короткометражный художественный фильм «Так надо!» (1982 г) — Приз «За лучшую режиссёрскую работу» на Всесоюзном кинофестивале молодых кинематографистов в Москве (1984 г).
Короткометражный фильм «Хаш с музыкой» (1983 г) — удостоен премии «За лучший сценарий» на Московском конкурсе молодых сценаристов.
На Международном кинофестивале в Габрово фильм «Мерзавец» (1988 г)- получил приз «Золотая трость Чаплина» (1989 г). Фильм так же был удостоен главной награды Международного кинофестиваля «Сорренто-Неаполь» — «Золотой медали имени Витторио де Сика». Знаменитый итальянский режиссёр Бернардо Бертолуччи причислил картину «Мерзавец» Вагифа Мустафаева к 35-ти лучшим фильмам мира. Кроме того, фильм завоевал многочисленные призы и награды на международных кинофестивалях в Японии, Канаде, США и др. странах.
Снятый в 1991 году художественный фильм «Вне» завоевал 2 главных приза на кинофестивале «Золотой орел» в городе Тбилиси (Грузия), а также Золотую медаль «Турецко-Исламского культурного центра» в Анкаре (Турция).
В 2001 году на IV Международном кинофестивале в Стамбуле («International Meeting of Cinema of History», Турция) фильм получил один из главных призов — награду «Best Historical Short Film» (председатель жюри Этторе Скола). Кроме того, фильм «Все к лучшему» был награждён дипломами и призами на различных Международных кинофестивалях. Фильм хранится в музее кино г. Оберхаузен (Германия).
За выдающийся вклад в развитие национального киноискусства Вагиф Мустафаев был награждён Орденом «Слава» Азербайджанской Республики и Орденом «Чести» Грузии. Национальная Академия кинематографических искусств и наук России удостоила Вагифа Мустафаева «Золотой медали» за выдающийся вклад в кинематографию.
За период с 1997 по 2008 год Вагифом Мустафаевым было создано 10 документальных фильмов посвященных жизни и деятельности Общенационального лидера Азербайджана — Гейдара Алиева.
Награды, которыми были удостоены фильмы на многочисленных международных кинофестивалях, что происходило впервые, потому что ранее фильмы о руководителях стран никогда не отмечались наградами, говорят о большом интересе к личности Гейдара Алиева во всем мире. Эти киноленты широко известны в Азербайджане, России и в других странах, переведены и дублированы на многие языки мира.
Фильм «Про настоящую любовь» на IV Евразийском Телефоруме (Москва, 2001 г.) был удостоен главного приза в номинации «Телепортрет. Лицо времени» и Специального приза жюри и губернатора Московской области Бориса Громова «За талантливое отображение образа выдающегося политического деятеля».
Следующий фильм «Гейдар Алиев. История одной зависти» был награждён «Гран-При» V-го Евразийского Телефорума (2002 г.). В этом же году, в Екатеринбурге, на XII международном фестивале документального кино фильм завоевал один из главных призов — Специальный Приз жюри «За яркий убедительный портрет сильных мира сего».
Художественный полнометражный фильм «Национальная бомба» завоевал «Гран-При» на I Международном кинофестивале стран СНГ Латвии, Литвы и Эстонии «Новое кино. XXI-век» в Смоленске (2004 г), и в том же году «Гран-При» на кинофестивале комедийных фильмов «Улыбнись, Россия» в Великом Новгороде.
На XV Международном Варненском кинофестивале (Болгария, 2007 г.) «Национальная бомба» была удостоена академического приза Софийского Университета им. Святого Климента Охридского — «Горькая Чаша».
В 2006 году Вагиф Мустафаев получил «Гран-При» Евразийского телефорума за 8-серийный художественный фильм «Проверка».
С того же, 2006 года Вагиф Мустафаев возглавил Независимую Телерадиокомпанию «SPACE» TV.
В 2007 году В. Мустафаев стал председателем жюри X-го юбилейного Евразийского Телефорума проводимого Евразийской Академией Телевидения и радио, где и был награждён престижной премией «Международный Олимп» .
За высокие достижения в области телевидения Президент Телекомпании «Space» — Вагиф Мустафаев был удостен Национальной Независимой премии «Гызыл Бута».
Так же, в 2007 году Вагифу Мустафаеву был присужден почетный знак Росзарубежцентра МИД РФ «За вклад в дело дружбы».
В начале 2008 года журнал «Консалтинг и бизнес» вручил В. Мустафаеву премию «Угур-2008» («Успех-2008») и назвал его «Персоной года в области телевидения».
На XI-ом Евразийском Телефоруме в Москве фильм Вагифа Мустафаева «Особое назначение», посвященный вкладу Гейдара Алиева в строительство БАМ-а завоевал Гран-При. Так же, на XI-ом Евразийском Телефоруме Вагиф Мустафаев был удостоен ордена Международного Союза Журналистов.8 ноября 2008 года в рамках XI-го Евразийского Телефорума в Доме Кино Союза Кинематографистов России Вагиф Мустафаев провел мастер-класс на тему «Смех сближает народы» для деятелей кино и телевидения более чем 20-ти стран.
В 2009 году по телеэкранам Азербайджана был продемонстрирован новый 6-ти серийный документальный проект режиссёра — фильм «История нашей безопасности».
Вагиф Мустафаев сотрудничал со многими российскими деятелями культуры. Среди них актеры: Ролан Быков, Елена Санаева, Лев Борисов, Всеволод Шиловский , Вячеслав Шалевич, Леонид Куравлев, Ирина Купченко, Юрий Назаров, Семен Фарада, Александр Кайдановский, Александр Белявский, Андрей Мартынов, Расми Джабраилов, Алексей Ванин, Лариса Бородина, Валерий Гаркалин; а также операторы, композиторы и художники: Валерий Гинзбург, Александр Ильховский, Валентин Пиганов, Евгений Дога, Гия Канчели, Вячеслав Виданов и многие другие.