Вагнер начал свою карьеру в клубе «Америка Минейро». Спустя два года он перешёл в другой клуб из Белу-Оризонти «Крузейро». В январе 2007 года Вагнер был продан в саудовский клуб «Аль-Иттихад» из Джидды. Сумма сделки составила 9 миллионов евро. Но в июне 2007 года он вернулся в «Крузейро», так как «Аль-Иттихад» не выплатил оговорённую сумму за Вагнера. Стоит отметить, что в том сезоне «Аль-Иттихад» стал чемпионом Саудовской Аравии.
7 августа 2009 года Championat.ru сообщил, что московский клуб «Локомотив» приобрёл бразильца за 6 миллионов евро. Через 3 дня эту информацию подтвердил президент «Локомотива» Николай Наумов.
За «Локомотив» Вагнер дебютировал 16 августа в матче с московским ЦСКА в рамках 18-го тура чемпионата России, заменив на 78-й минуте нападающего Питера Одемвингие. Первый гол за московский клуб Вагнер провёл уже во второй игре за «Локомотив», поразив на 9-й минуте в гостевом матче ворота петербургского «Зенита». В чемпионате России 2009 занял с «Локомотивом» четвёртое место, проведя за московский клуб семь матчей, в которых забил три гола («Зениту», «Кубани» и московскому «Динамо»). В следующем сезоне он из-за травмы появился на поля только после летнего перерыва.
27 декабря 2010 года Вагнер перешёл в турецкий «Газиантепспор», подписав договор на 4,5 года.
Вагнер сыграл два матча за молодёжные сборные Бразилии (до 17 и до 20 лет). Также он вызывался на матчи главной команды страны, но это были только товарищеские матчи, и участия в них он не принимал.