Родился 18 мая 1939 года в Подмосковном поселке Кратово. Окончил Московскую сельскохозяйственную академию им. К. А. Тимирязева. Затем работал в Восточно—Сибирском институте биологии СО РАН, в НИИ удобрений и инсектофунгицидов (НИИУИФ) МСХ СССР (Московская область), потом переходит на работу во Всесоюзный институт удобрений и агропочвоведения (ВИУА) ВАСХНИЛ.
В. Н. Кудеяров является крупным ученым в области изучения круговоротов азота и углерода и экологически оптимальных приемов применения удобрений и баланса углерода. Автор и соавтор более 270 работ, в том числе 5 монографий, 7 изобретений.
В Пущинском государственном университете является деканом Учебного центра «Почвоведение, экология и рациональное природопользование». Член Президиума Пущинского научного центра.
Главный редактор журнала «Агрохимия», заместитель главного редактора журнала «Почвоведение», член редколлегии международного журнала «International Agrophysic», член специализированного совета по защитам докторских диссертаций при факультете почвоведения МГУ. Вице-президент «Общества почвоведов им. В. В. Докучаева» РАН.