В 1971 г. окончил лечебный факультет Одесского медицинского института им. Пирогова. Работал старшим лаборантом, ассистентом, доцентом, профессором. C 1986 г. заведует кафедрой акушерства и гинекологии Одесского государственного медицинского университета. С 1994 года по настоящее время возглавляет Одесский государственный медицинский университет.
По состоянию на июнь 2008 года, В. Н. Запорожан — Член Президии АМН Украины и Международной академии им. Альберта Швейцера, глава проблемной комиссии «Акушерства и гинекологии» МЗ и АМН Украины, член Межведомственного и координационного совета АМН и МЗ Украины по фундаментальным и прикладным проблемам медицинской генетики, основатель и директор НИИ регенеративной и реконструктивной биомедицины, Национального комитета по биоэтике, Межведомственной комиссии по вопросам биологической безопасности при Совете Национальной безопасности и обороны Украины, член Европейского союза гинекологов-онкологов, Американской ассоциации гинекологов-лапароскопистов, почетный доктор многих зарубежных университетов и академий, редактор научных журналов: «Достижения медицины и биологии», «Одесский медицинский журнал», Международного медико-философского журнала «Интегративная антропология», член редакционных советов ряда журналов, член Международного Научного Комитета UNESCO.
С марта 1997 г. является членом совета директоров Национального фонда социальной защиты матерей и детей «Украина — детям».
С 1976 года — кандидат, с 1982 года — доктор медицинских наук, с 1986 года — профессор, с 1997 года член-корреспондент АМН Украины, с 2000 года - академик АМН Украины. В 2002 году избран членом Президии АМН Украины. В 2011 году избран вице-президентом НАМН Украины
В 1978 году В. Н. Запорожан возглавил первый на Украине криохирургический центр для лечения предопухолевых состояний в гинекологии. В 1983 году им создан первый в стране отдел иммунодиагностики и иммунокоррекции в гинекологии, который по признанию Академии медицинских наук СССР стал одним из ведущих по этой проблеме в бывшем Советском Союзе. В 1989 г. В. Н. Запорожан основал первое в стране лечебное учреждение, которое функционировало на принципах некоммерческого госрасчета — Центр здоровья семьи.
К заслугам проф. В. Н. Запорожана также относится создание в г. Одессе Центра эндоскопической лазерной хирургии, и основана Республиканская ассоциация эндоскопической малоинвазивной и лазерной хирургии, президентом которой он является.
Научные разработки В. Н. Запорожана по проблемам диагностики гиперпластических процессов и доброкачественных опухолей женской половой сферы с использованием эндоскопических технологий и изучение состояния основных регуляторных систем организма (иммунной, гемостаза, эндокринной, ферментной) позволили не только впервые определить патогенетические механизмы этих состояний, но и открыли возможность развития органосохраняющих технологий лечения женщин репродуктивного возраста.
В. Н. Запорожан является признанным на Украине и за ее пределами специалистом в области лечения предопухолевых состояний путем сочетанного использования криохирургических методов с гормональной, иммуномодулирующей терапией, а также физическими факторами влияния.
Принципиальное теоретическое значение имеет разработанная В. Н. Запорожаном концепция саногенетического влияния физических факторов при разных патологических состояниях в гинекологии и акушерстве.
Он впервые теоретически обосновал и экспериментально подтвердил возможность использования электромагнитного поля миллиметрового диапазона в лечении процессов, которые сопровождаются нарушением нейроиммуно-гормональных соотношений.
В акушерстве значительное внимание В. Н. Запорожан уделяет разработке современных методов лечения сочетанных гестозов беременных, течению беременности при сахарном диабете, профилактике и лечению воспалительных послеродовых осложнений. Широко изучена возможность использования немедикаментозных методов в акушерстве — внутрисосудистого лазерного и ультрафиолетового облучения крови, электромагнитного поля миллиметрового диапазона, гипербарической оксигенации крови. Впервые глубоко изучено состояние основных регуляторных систем организма — иммунной, эндокринной, протеазно-ингибиторной, гемостаза, оксигенации крови, и их соотношение при нормальном течении и осложненной беременности.
Научные работы В. Н. Запорожана являются значительным вкладом в разработку актуальных проблем в гинекологии и акушерстве. Ему принадлежит более 500 научных работ, в том числе более 40 монографий, в том числе более 50 статей, опубликованных в зарубежных научных изданиях. Он — заслуженный изобретатель Украины, автор 58 изобретений и 2-х патентов иностранных государств.
В последние годы Валерий Николаевич Запорожан активно разрабатывает концепцию нооэтики - этических принципов, которые призваны регулировать взаимоотношения в ноосфере, как продолжение концепции биоэтики.
Является автором первого на Украине учебника «Акушерство и гинекология» на украинском языке.
В. Н. Запорожан — основатель и лидер плодотворной научной школы, достижения которой хорошо известны отечественным и иностранным специалистам. Под его руководством защищены 14 докторских и 55 кандидатских диссертаций, 3 докторских диссертации выполняется в данное время. Он является инициатором разработки научной программы «Проблемы материнства и семьи в современных социально-экономических условиях Украины», которая поддержана советом МЗ и АМН Украины.
Заслуживает внимания и его работа как главы Республиканской проблемной комиссии «Акушерство и гинекология» МЗ и АМН Украины, члена редакционных советов журналов «Педиатрия, акушерство и гинекология», «Криобиология и криомедицина», главного редактора «Одесского медицинского журнала».
В 1997 году В. Н. Запорожан Указом Президента Украины за выдающийся личный вклад в развитие медицинской науки, подготовку высококвалифицированных кадров для охраны здоровья награжден знаком отличия Президента Украины — орденом «За заслуги» ІІІ степени. Впоследствии, в 2000 году получил орден «За заслуги» II степени, а в 2006 — I степени.
В 1997 году 16 мая в Варшавском Королевском замке Валерию Николаевичу был вручен Диплом Почетного члена Польской Академии Медицины и Золотую медаль А. Швейцара и международную медаль «За заслуги в медицине» Польской Академии Мецицины.
1997 — Указом Президента Украины за цикл работ «Врожденная наследственная патология детей Украины: диагностика и лечение» присуждена Государственная премия.
В 1998 году Валерий Николаевич Запорожан был награжден Президентской Медалью университета им. Джорджа Вашингтона (Вашингтон, США).
За достижения в области гуманизации науки Валерий Николаевич награжден высшей наградой Польской Академии Медицины «Большая золотая звезда» — 1998 г. в октябре этого же года был вручен орден Николая Чудотворца «За приумножение добра на Земле».
За заслуги в развитии и гуманизации медицинской науки Валерий Николаевич в мае 1999 года был награжден Международной медицинской академией Альберта Швейцара — «Большой Золотой медалью Альберта Швейцара».
24 августа 2000 г. ко Дню Независимости Украины Валерий Николаевич был награжден Орденом «За верность Отечеству» ІІІ степени.
В 2000 году Валерию Николаевичу Запорожану вручена Медаль Гиппократа (Всемирный фонд Гиппократа, Греция).
В 2001 году за цикл работ «Новые подходы и технологии в диагностике и лечении онкологических заболеваний» Валерию Николаевичу присуждена Национальной академией наук Украины премия имени Р. Е. Кавецкого.
За выдающиеся научные достижения, которые имеют особенно практическое значение, был награжден в 2006 году отличием «Socrat award» Великобритания.