Вальтер Гаргано начал карьеру в клубе «Данубио», где он играл с 2003 по 2007 год. За этот период он выиграл два чемпионата страны, вписав своё имя золотыми буквами в историю трёхкратного чемпиона Уругвая клуба «Данубио».
В 2007 году был продан итальянскому «Наполи» за 2 млн. фунтов.
В сезоне 2010/2011 у Гаргано случился конфликт с главным тренером «Наполи», Вальтером Маццари, из-за по окончании сезона клуб принял решение продать футболиста.
В сборной Уругвая Гаргано дебютировал 29 декабря 2005 года в неофициальном матче против сборной Галисии Официальный дебют состоялся 30 мая 2006 года в матче против сборной Ливии на Кубке LG (победа 2:1). Гаргано принял участие в Кубке Америки 2007 года в составе национальной сборной.
В последние годы Гаргано в основном был игроком замены, поскольку на чемпионате мира 2010 года (где уругвайцы заняли четвёртое место) и победном Кубке Америки 2011 Оскар Табарес в линии полузащиты доверял паре опорников Диего Перес — Эхидио Аревало Риос. Однако в ряде случаев Гаргано становился игроком основы. В товарищеском матче против сборной Германии 29 мая 2011 года он забил единственный гол уругвайцев (Германия выиграла со счётом 2:1) и был признан лучшим игроком в составе гостей.
Женат на Микаеле Гамшик, сестре Марека Гамшика, который также играет за «Наполи». У пары есть сын, Матиас, родившийся 7 мая 2010.