Пандиани выступал за клубы «Прогресо», «Басаньес» и «Пеньяроль» на родине прежде чем перешёл в испанский «Депортиво Ла-Корунья» в 2000 году. Он был игроком основы и одним из лучших бомбардиров команды.
После успешной аренды в «Мальорке» и в «Бирмингем Сити» в Премьер-Лиге. В 2005 году перешёл в «Бирмингем Сити», за зарплату 3 млн. ?.
В Англии он закрепиться не смог и 13 января 2006 года вернулся в Испанию где подписал контракт с «Эспаньолом» за 1 млн. ?. В своём первом сезоне стал лучшим бомбардиром Кубка УЕФА, забил 11 мячей и вместе с командой дошёл до финала.
В 2007 году присоединился к другому испанскому клубу «Осасуна».
28 марта 2001 года дебютировал в сборной Уругвая в матче против Парагвая (0:1). Несмотря на успешную клубную карьеру, в сборной Уругвая провёл всего 4 матча.