Вальтер Крюгер родился 27 февраля 1890 года в семье офицера, старший брат Фридриха-Вильгельма Крюгера. По окончании кадетского корпуса в Карлсруэ и Лихтерфельде 19 июня 1908 года получил звание лейтенанта.
В первую мировую войну дослужился до звания капитана, командовал батальоном. Награждён Рыцарским крестом Королевского ордена дома Гогенцоллернов с мечами, Железными крестами обеих степеней.
В 1919 году воевал в составе добровольческого корпуса в Прибалтике.
С 1920 года занимался сельским хозяйством. В апреле 1935 года вступил в войска в распоряжении СС (SS-Verf?gungstruppe), сразу получил звание оберштурмбаннфюрер. Преподавал в офицерской школе СС в Бад-Тёльце. С января 1939 года — штандартенфюрер. С августа 1939 — начальник штаба полицейской дивизии СС.
Участвовал во Французской кампании, получил планки к Железным крестам (повторное награждение). С октября 1940 года — на службе в штабе войск СС. В апреле 1941 года получил звание бригадефюрер СС и генерал-майор войск СС.
С 22 июня 1941 года участвовал в германо-советской войне. С августа 1941 года — командир полицейской дивизии СС, бои под Ленинградом. В декабре 1941 года награждён Рыцарским крестом, с января 1942 года — группенфюрер СС и генерал-лейтенант войск СС.
С марта 1943 года — командир 2-й танково-гренадерской дивизии СС «Дас Райх», в июле 1943 бои на южном фасе Курской дуги (в том числе сражение под Прохоровкой). В августе 1943 награждён Дубовыми листьями (№ 286) к Рыцарскому кресту.
С октября 1943 года — командующий 4-м танковым корпусом СС. С марта по июль 1944 года — командующий войсками СС в райхскомиссариате Остланд. С июня 1944 года — обергруппенфюрер СС и генерал войск СС.
С июля 1944 года — командующий 6-м корпусом СС в группе армий «Север», затем в Курляндском котле. В январе 1945 года награждён Мечами (№ 120) к Рыцарскому кресту с Дубовыми листьями.
После капитуляции Германии 8 мая 1945 года, обергруппенфюрер Крюгер с группой солдат попытался скрытно уйти из Латвии в Германию, но в пути был застигнут 22 мая 1945 года советскими войсками и застрелился.