После школы Вальтер Мёрс подрабатывал случайными работами, потом работал практикантом в сфере торговли. В то время он сам учился рисовать.
Вальтер Мёрс не любит давать интервью и очень редко позволяет себя фотографировать, что в последнее время оправдано: после публикации книги Мёрса «Адольф, Нацистская Свинья», высмеивающей Адольфа Гитлера, праворадикалы посылают Мёрсу письма с угрозами.
Первая история про Капитана Блаубэра (нем. K?pt’n Blaub?r, дословно «Капитан Синий Медведь») вышла в 1988 году и нашла своё продолжение в мультфильмах, книгах для детей и аудиоспектаклях. Другой персонаж Мёрса, известный детям по книгам и мультфильмам — это всезнающий гений Шимауски (нем. Schimauski), который находит ответы на все возможные и невозможные вопросы. Шимауски, на этот раз под именем Профессора Доктора Абдула Нахтигаллера (по-русски «Соловьева»), и капитан Блаубэр фигурируют и в книгах о выдуманной стране Цамонии (нем. Zamonien), которые уже рассчитаны на взрослых.
2 книги цикла — «13? жизней капитана по имени Синий Медведь» и «Город мечтающих книг» переведены и изданы.
Мёрс публикует свои работы с 1984 года. Первую известность ему принесли комиксы, отличающиеся иронией и сознательным нарушением политкорректности. Из последних комиксов Мёрса можно назвать серию комиксов про Дэдмэна, супергероя-мертвеца, опубликованную в журнале «Титаник» в 2001—2002 годах.
Наиболее известные из его героев:
Романы, действие которых разворачивается в вымышленном мире Цамония. На сегодняшний день в цикле цамонийских романов 5 книг.
В 1999 году вышел в свет первый роман из серии, местом действия которой стал выдуманный мир Замония: «13 с половиной жизней капитана Синий Медведь». Но этот Синий Медведь имеет мало общего с героем детской передачи, дедулей-медведем, рассказывающим небылицы внукам. В романе Синий Медведь молод и обращается к читателю-взрослому с тонким чувством юмора. Особое место в романе занимает сказочный мир Замония, родина бесчисленных чудовищ и гениальных ученых. В книге напечатана детальная карта Замонии, по которой читатель может проследить путешествия главного героя. Этот сложный мир, полный иронии и сатирических перекрёстных ссылок, стал основой дальнейших замонийских романов. Книга изобилует иллюстрациями, все они, как почти во всех книгах Вальтера Мёрса, — рисунки автора.
Во втором Цамонийском романе в качестве автора выступает дракон Хильдегунст фон Мютенметц, а сам Вальтер Мёрс как бы играет роль переводчика с цамонийского на немецкий. Как читатель догадывается из названия, книга — пародия на известную немецкую сказку «Хэнзель и Гретель» о двух детях, заблудившихся в лесу. Капитан Синий Медведь появляется только эпизодически, а сама сказка, заявленная в названии, начинаясь вполне узнаваемо, вскоре уже ни на что не похожа.
В третьей книге этой серии, «Румо и чудеса в темноте» (нем. Rumo & Die Wunder im Dunkeln), есть довольно жёстокие эпизоды. Например, персонажи-циклопы питаются всевозможными существами, населяющими Цамонию, причём чем жертва вертлявее, тем лучше. Циклопы пожирают жертву живьем. Да и фехтовальные дуэли, битвы и орудия пытки описываются достаточно кровожадно.
В 2004 году вышла четвёртая по счёту книга, «Город мечтающих книг», с Хильдегунстом (фон) Мютенметцем (Мифорезом) в роли автора. В конце книги Вальтер Мёрс просит у читателей совета о том, какую книгу ему «перевести» следующей: продолжение приключений Мютенметца (Мифореза) в катакомбах Буххайма (Книгорода) или новую историю о его приключениях в городе-кладбище Дуллсгарде. За эту книгу Вальтер Мёрс получил награду города Вецлар за лучшее фантастическое произведение.
Название романа по-немецки — «Der Schrecksenmeister» — игра слов (переставлены буквы в Schreckensmeister). Пятый том Цамонийских романов вышел в августе 2007 года. Это якобы тоже книга Мютенметца, переведённая Мёрсом с цамонийского.
5 октября 2011 вышла шестая книга цамонийских романов - «Лабиринт мечтающих книг». Это продолжение книги «Город мечтающих книг». Сюжет романа разворачивается в Книгогороде, куда через 200 лет возвращается главный герой книги «Город мечтающих книг» Хильдегунст (фон) Мютенметц (Мифорез). Судя по всему это всего лишь первая часть книги, так как сюжет остаётся незаконченным. О выходе второй книги автор пока ничего не сообщал.
Особую привлекательность цамонийских романов создают игра слов, намёки, интертекстуальные ссылки и анаграммы. Внимательному читателю откроется множество анаграмм имен великих поэтов и писателей (например, анаграмма имени Гёте: Johann Wolfgang von Goethe ? Ojhann Golgo van Fontheweg). Большинство стихотворений в книге «Город мечтающих книг» — это изменённые стихотворения великих авторов, известные образованным немецким читателям.
Используется и множество визуальных приёмов. Многие имена и названия интересны тем, как они написаны. Часто применяются типографские средства, такие как разные кегли и размеры шрифтов.
Немецкая рок-группа Blind Guardian написала песню «This Will Never End» по мотивам книги «Сумасшедшее путешествие в ночи».