Ванда Якубовская родилась 10 октября 1907 года в Варшаве в еврейской семье. После учёбы, вопреки желанию родителей, она бросает архитектуру и посвящает свою жизнь кино. В 30-х годах прошлого столетия Ванда становится одним из активнейших участников польского «Общества любителей художественного кино» (сокращенно названного по первым буквам польского названия — «Старт»). После небольших документальных лент («Репортаж номер 1», 1932 совместно с Эугениушем Ценкальским, «Море», 1933 и «Улица Эдисона», 1937) Ванда снимает свой первый художественный фильм в 1937—1939 годах по роману Элизы Ожешко «Над Неманом». Но начало Второй мировой войны нарушает планы, и фильм так и не выходит на экраны (премьера должна была состояться 5 сентября 1939 года в кинотеатре «Колизей» ). Негатив ленты был в годы войны утерян, как считается, во время немецкой бомбардировки.
После захвата нацистами Польши, Ванда в 1942 году попадает в концлагерь Освенцим, а затем в 1945 году в Равенсбрюк. Чудом выжив в лагерях смерти Якубовская по завершении войны реализует свою яркую мечту, позволявшую ей уцелеть в нацистских «фабриках смерти» и создать художественный фильм об ужасах нацистских концлагерей.
В 1948 году появляется её первая полнометражная лента «Последний этап», ставший первой в истории мирового кино художественной лентой о правде Освенцима. Этой же теме режиссёр посвятила и другую свою картину «Конец нашего света».
Фильм «Последний этап» до съемок и особенно после выхода на экраны знаменитого спилберговского «Списка Шиндлера» был привечен за океаном, и Якубовская даже была приглашена на Кинофестиваль еврейского кино в Сан-Франциско и Беркли (1994).
Показ трагедии и подвига простого народа в годы войны режиссёру удалось реализовать и в других лентах «Приглашение» (1985) и «Встреча в темноте» (1960), тема истории своей страны (через судьбу Людвига Варинского) нашла отражение в картине «Белая мазурка» (1978).
Среди интерсеных работ в эти годы — экранизация повести Януша Корчака Король Матиуш I, одной из самых ярких и добрых произведений мировой классики для детей.
Последний фильм о творчестве поэта Владислава Оркана режиссёр сняла в возрасте 81 год — «Цветы любви».
В последние годы жизни работу в кино Ванда Якубовская дополняла педагогической деятельностью, будучи профессором знаменитой Государственной Высшей школы кино, телевидения и театра в Лодзи (1949—1974). Ванда Якубовская прожила долгую и яркую творческую жизнь, по словам самой Ванды, смерть не касалась её, так как она была заговорена в Освенциме.
Ванда Якубовская похоронена на муниципальном кладбище на Повязках (Варшава) напротив другого режиссёра и сподвижника в возрождении польского кино — Ежи Теплица.