Родился в семье выходца из оренбургских казаков купца Ивана Плиханкова.
Закончил Полоцкую военную гимназию, затем Оренбургское военное училище. Сделал военную карьеру, дослужился до полковника.
Неожиданно для сослуживцев подал прошение об отставке.
В 1891 году приехал в Оптину пустынь.
10 февраля 1892 года был зачислен в число братства Иоанно-Предтеченского скита, каждый день в течение трёх лет он ходил для духовных бесед к Оптинским старцам Анатолию и Иосифу.
26 марта 1893 года великим постом был пострижен в рясофор в декабре 1900 года по болезни пострижен в мантию с именем Варсонофий, 29 декабря 1902 года рукоположен в иеродиакона, а 1 января 1903 года — в иеромонаха. Назначен помощником старца и духовником Шамординской женской пустыни
В 1904 году был отправлен на фронт в качестве священника при лазарете имени преподобного Серафима Саровского.
В 1907 году возведён в сан игумена и назначен скитоначальником.
В 1910 году, при старце Варсонофии, в Оптину пустынь приезжал Лев Толстой, но так и не решился посетить скит. Преподобный сам приехал на станцию Астапово к умирающему писателю, чтобы напутствовать его перед смертью и дать возможность в последние минуты жизни примириться с Церковью, но к Толстому его не допустили.
В 1912 году по решению Синода преподобный Варсонофий был назначен настоятелем Старо-Голутвинской обители с возведением в сан архимандрита. В Старо-Голутвином монастыре, пришедшем к началу XX века в упадок, трудами архимандрита Варсонофия было восстановлено благочиние иноческой жизни, он привлёк благотворителей, которые помогли отремонтировать храмы, кельи, гостиницу; монастырь стал одним из духовных центров Подмосковья.
1 (14) апреля 1913 года скончался и был погребён в Оптиной пустыни.