Василь Захарка родился в бедной крестьянской семье в деревне Добросельце неподалёку от Гродно. В 16 лет он осиротел и, чтобы прокормить себя, двух братьев и сестру, напряжённо работал. Вскоре он сумел стать учителем в церковно-приходской школе.
Захарка был призван в армию в 1898 году и оставался на воинской службе вплоть до Февральской революции. В годы службы он поддерживал контакты с членами Белорусской социалистической громады. В Первую мировую войну Захарка, хорошо зарекомендовавший себя в предвоенные годы, сражался на Северо-Западном фронте. Когда Николай II отрёкся от престола, и к власти пришло Временное правительство, он оставил службу и стал движущей силой в организации объединения солдат-белорусов. Имея контакты с многими бывшими офицерами Российской армии, Захарка был в состоянии привлечь их к белорусскому национальному движению.
На конференции белорусских солдат, которая состоялась в Минске в ноябре 1917 года, Василь Захарка был избран секретарём Белорусского военного совета. Он также принял участие во Всебелорусском съезде, по результатам которого вошёл в Исполнительный комитет съезда. После кратковременного прихода к власти большевиков Захарка был арестован, но смог сбежать. Находясь в бегах, он занялся подготовкой переворота с целью свержения большевиков в пределах Белоруссии. Общая ситуация на фронте изменилась, вследствие чего к 20 февраля 1918 года белорусские националисты взяли власть в Минске.
В период независимости Захарка занимал ряд постов в правительстве Белорусской Народной Республики. В июле 1920 года он возглавлял белорусскую делегацию на переговорах с большевиками в Москве, на которых безуспешно пытался добиться признания ими независимости БНР. Он также вёл переговоры с поляками и литовцами.
Когда правительство БНР эмигрировало на запад, Захарка поселился в Праге, где продолжал принимать активное участие в делах БНР. В 1925 году он стал заместителем председателя Рады БНР Петра Кречевского, а в 1928 году, после смерти последнего, сам встал во главе Рады. На этом посту он писал статьи для белорусских и небелорусских газет и журналов, принимал участие в национальных мероприятиях.
20 апреля 1939 года Захарка обратился с меморандумом к Гитлеру, в котором выражал надежду на то, что последний поддержит белорусское национальное движение, и писал, что «есть белорусы, которые согласны искренне ему служить и оказывать всяческие услуги». Однако после начала Второй мировой войны, когда представители Нацистской Германии связались с Захаркой, предложив ему сотрудничество, тот ответил отказом. Тогда в феврале 1943 года под протекцией немецкой администрации на территории оккупированной Беларуси была образована Белорусская центральная рада во главе с Радославом Островским.
14 марта 1943 года Василь Захарка ушёл из жизни в Праге, за несколько дней до смерти передав свои полномочия Николаю Абрамчику. Был похоронен в Праге на Ольшанском кладбище.