Родился 1 января 1902 года в Нижнем Новгороде, в семье рабочего. Русский. Окончил 2 класса городского училища. Работал матросом и штурвальным на волжских судах.
В РККА с 1919 года. Участник Гражданской войны. Член ВКП(б)/КПСС с 1925 года. В 1926 году окончил Сумскую военную пехотную школу, в 1929 году — Киевскую военно-политическую школу, в 1939 году — Военную академию имени М. В. Фрунзе. Участвовал в боях на Китайско-Восточной железной дороге (КВЖД) в 1929 году, на реке Халхин-Гол (Монголия) в 1939 году, в советско-финляндской войне 1939—1940 годов. На фронтах Великой Отечественной войны с июня 1941 года.
461-й стрелковый полк (142-я стрелковая дивизия, 23-я армия, Северный фронт), которым командовал полковник Василий Трубачёв, занимал оборону на государственной границе Союза Советских Социалистических Республик (СССР) с Финляндией, на участке Ристилахти лахденпохского направления.
29 июня 1941 года финско-немецкие войска перешли границу СССР, и повели наступление на фронте до ста пятидесяти километров, в том числе на отдельных направлениях обороны 142-й стрелковой дивизии.
За пять первых недель войны, с 29 июня по 4 августа 1941 года, в районе посёлка Лахденпохья и посёлка городского типа Элисенваара (Карелия) 461-й стрелковый полк не отошёл от государственной границы ни на шаг, а враг не смог продвинуться в заданном направлении и понёс значительные потери.
Указом (№ 632) Президиума Верховного Совета СССР от 25 июля 1941 года за умелое командование полком, грамотное руководство боями против численно превосходящего врага и нанесение ему больших потерь в живой силе и технике, и проявленные при этом мужество и героизм, полковнику Трубачёву Василию Алексеевичу присвоено звание Героя Советского Союза с вручением ордена Ленина и медали «Золотая Звезда».
Это был один из первых подобных указов начала Великой Отечественной войны, а 461-й стрелковый полк был награждён орденом Ленина. В первых числах сентября 1941 г. полковник Трубачев принял командование 2-й гвардейской дивизии народного ополчения г. Ленинграда, принимавшей участие в обороне Красногвардейска (ныне Гатчина)и ближних подступов к Ленинграду. В боях дивизия понесла большие потери и 21 сентября 1941 г. была расформирована. С декабря 1941 г. по апрель 1942 г. Трубачев на Ленинградском фронте командовал 1-й дивизией войск НКВД, позднее был начальником штаба Невской оперативной группой (НОГ)Ленинградского фронта.
13 октября 1942 года полковник Трубачёв В. А. назначен командиром 86-й стрелковой дивизии (Ленинградский фронт), сформированной из ленинградских ополченцев. Воины этой дивизии особо отличились в ходе операции «Искра» по прорыву блокады Ленинграда, и в освобождении 18 января 1943 года города Шлиссельбурга (в 1944—1992 годах — Петрокрепость) Ленинградской области. За образцовое выполнение боевых заданий командиру 86-й стрелковой дивизии полковнику В. А. Трубачеву 21 апреля 1943 года присвоено звание «генерал-майор», он был награжден орденом Кутузова II степени.
С января по август 1943 года генерал-майор Трубачев командовал 327-й стрелковой дивизией 2-й ударной армии, преобразованной за успешные активные бои по прорыву блокады Ленинграда в 64-ю гвардейскую. Позднее ему поручили сформировать 117-й стрелковый корпус и с конце августа — начале сентября1943 года генерал-майор Трубачёв В. А. становится во его главе, войска которого с января по сентябрь 1944 года в составе войск Ленинградского фронта принимали активное участие в Красносельско-Ропшинской, Новгородско-Лужской, Нарвской, Таллинской наступательных операциях, освобождая от гитлеровских захватчиков города: Гатчина, Луга, Нарва, Иыхви (Йыхви), Кунда, Тапа, Таллин.
С января по май 1945 года 117-й стрелковый корпус под командованием генерал-майора Трубачёва в составе 21-й армии 1-го Украинского фронта участвует в Сандомирско-Силезской, Верхне-Силезской и Пражской наступательных операциях, освобождает города: Оппельн (Ополе), Штейнау (Сицинава Мала), Штригау (Стшегом).
Одиннадцать раз салютовала Родина войскам 117-го стрелкового корпуса под командованием генерал-майора Василия Алексеевича Трубачева за освобождение городов Ленинградской области и Прибалтики, а также за взятие городов в Германии.
После войны, в 1948 году генерал-майор Трубачёв В. А. окончил Военную академию Генерального штаба Вооружённых Сил СССР имени К. Е. Ворошилова и остался в ней на преподавательской работе. С 1954 года генерал-майор Трубачёв В. А. — в запасе. Жил в Москве. Трагически погиб 1 июня 1964 года. Похоронен в Москве на Донском кладбище.
Награждён двумя орденами Ленина, тремя орденами Красного Знамени, орденами Кутузова 1-й и 2-й степени, Суворова 2-й степени, Красной Звезды, медалями.