Причислен к лику святых Русской православной церкви.
Родился в семье священника. Родственник митрополита Владимира (Богоявленского).
Окончил Тамбовскую духовную семинарию в 1888, Казанскую духовную академию в 1900 со степенью кандидата богословия. Магистр богословия (1907, тема диссертации: «Вторая книга Маккавейская. Опыт исагогического исследования»).
20 сентября 1888 года был рукоположён во диакона, был учителем одноклассной церковно-приходской школы.
11 марта 1890 года рукоположён во священника к церкви села Овсянки, Кирсановского уезда Тамбовской епархии. В этой должности состоял до 1896 года, будучи, одновременно, заведующим и законоучителем церковно-приходской школы. Неизлечимая болезнь жены заставила его расстаться с родной епархией и переселиться в Казань, где он учился в академии и продолжил священническое служение в кафедральном соборе, церкви Троице-Феодоровского женского монастыря и в кладбищенской церкви. Был законоучителем ряда учебных заведений.
В 1908 году, после кончины супруги, принял монашеский постриг в Свято-Троицкой Александро-Невской Лавре и вскоре назначен ректором Черниговской духовной семинарии с возведением в сан архимандрита.
26 июля 1909 года хиротоносан во епископа Сумского, викария Харьковской епархии. Руководил благоустройством Куряжского Преображенского монастыря.
С марта 1911 года — епископ Новгород-Северский, викарий Черниговской епархии.
С 12 мая 1911 года — епископ Черниговский и Нежинский. По его инициативе была издана книга-альбом «Картины церковной жизни Черниговской епархии». Построен Николаевский епархиальный дом с величественным храмом, залом для религиозно-просветительских целей и целым рядом благотворительных епархиальных учреждений при нём. Созданы два новых обширных странноприимных дома для паломников, пребывавших на поклонение к мощам святителя Феодосия. Организован туберкулёзный санаторий для воспитанников духовной семинарии. О нём отзывались как о прекрасном администраторе и умелом хозяйственнике.
5 октября 1916 года возведён в сан архиепископа.
Был членом Святейшего Синода, исполнял обязанности председателя Издательского совета при Синоде.
В 1917 году дважды арестовывался революционными властями Черниговской губернии. По распоряжению Временного правительства в числе других архиерев был освобождён от присутствия в Св. Синоде. 6 мая был отправлен на покой как «не соответствующий революционному духу времени». Переведён в Николаевскую Теребенскую пустынь Тверской епархии; затем некоторое время управлял Московским Заиконоспасским монастырём.
Участвовал в деятельности Поместного Собора, откуда в 1918 был командирован в Пермь во главе комиссии для расследования обстоятельств убийства архиепископа Андроника (Никольского). В состав комиссии входили также делегаты Собора: архимандрит Матфей (Померанцев), ректор Пермской духовной семинарии и Алексей Данилович Зверев, мирянин Московской епархии, миссионер.
После произведения следствия Владыка с другими членами комиссии выехал из Перми, однако их поезд 27 августа 1918 года был остановлен между Пермью и Вяткой. В вагон ворвались красноармейцы, убили членов комиссии, а тела их выбросили из поезда. Самого владыку сбросили с Камского моста в реку. Тело архиепископа похоронили местные крестьяне, но когда к его могиле начались паломничества, большевики выкопали тело священномученика и сожгли его.
Причислен к лику святых Новомучеников и Исповедников Российских на Юбилейном Архиерейском Соборе Русской Православной Церкви в августе 2000 года для общецерковного почитания. Одновременно были канонизированы и погибшие вместе с ним члены соборной комиссии.