Член партии с 1928 года, член ЦК КПСС с 1952 года. Депутат Верховного Совета СССР (1950—69 гг.).
Герой Советского Союза (01.01.1944).
В 1926 году призван в ряды Красной Армии. В 1927 году окончил Орловское военное пехотное училище, в том же году демобилизовался. В 1930 году окончил Брянский коммунистический университет, на комсомольской, а с 1937 года на партийной работе.
Участник Великой Отечественной войны с 1941 года.
Указом Президиума Верховного Совета СССР от 1 января 1944 года за успешное руководство партизанской борьбой, личное мужество и отвагу генерал-майору Чернышёву Василию Ефимовичу присвоено звание Героя Советского Союза с вручением ордена Ленина и медали «Золотая Звезда» (№ 3638).
С 1944 1-й секретарь Брестского, в 1948—50 годах Минского обкома. В 1950—51 годах секретарь ЦК КП Белорусской ССР. На место снятого в 1950 году Николая Гусарова Председатель СМ БССР А. Е. Клещев, Председатель Президиума ВС БССР В. И. Козлов, секретарь ЦК КП(б)Б М. В. Зимянин, заместитель Председателя СМ БССР П. А. Абрасимов предлогали кандидатуру В. Е. Чернышева , однако она была отклонена.
В 1951—1959 годах 1-й секретарь Калининградского обкома, в 1959—1969 годах 1-й секретарь Приморского крайкома КПСС. В 1969 году заместитель председателя Комитета партийного контроля при ЦК КПСС.
Похоронен на Новодевичьем кладбище.
Награждён шестью орденами Ленина, орденом Суворова 1-й степени, орденом Трудового Красного Знамени, орденом Красной Звезды, медалями.
Именем Героя названы улица и колледж лёгкой промышленности в Барановичах. 9 июня 2007 года во Владивостоке на фасаде здания по адресу: улица Светланская, дом № 47, где ранее располагался Приморский крайком КПСС, установлена мемориальная доска в память о Чернышёве.