Родился 1 января 1912 года в деревне Струговка (ныне Брянской области). После окончания средней школы работал на шахте в городе Кривой Рог. Затем, после окончания Одесского государственного университета, стал директором средней школы в селе Погребняково, Новгородский район, Кировоградская область, Украина.
В РККА с 1939 года. Участник советско-финляндской войны.
Участник Великой отечественной войны с июня 1941 года.
В 1943 году окончил Военную академию имени М. В. Фрунзе.
Командир 1180-го стрелкового полка (350-я стрелковая дивизия, 13-я армия, 1-й Украинский фронт) подполковник Скопенко В. Ф. отличился 29 июля 1944 года, при форсировании реки Вислы. Под его умелым руководством полк на подручных средствах переправился через реку в районе населенного пункта Лонжак (Польша). Затем, блестяще осуществив обходный маневр, освободил от германских войск город Сандомир, тем самым создав плацдарм для дальнейшего наступления наших частей.
27 января 1945 полковник Скопенко Василий Фёдорович погиб в бою под городом Бреслау, Польша.
Похоронен в городе Сандомир.
Именем Скопенко Василия Фёдоровича названа средняя школа, где он работал, на здании школы установлена мемориальная доска. В городе Сандомире его имя носила улица, пионерская дружина, библиотека.