Происходил из старинного рода Гоголь-Яновских. По преданию один из его предков, Остап Гоголь, прославился как казацкий полковник и гетман Правобережной Украины. Прадед и дед Василия Афанасьевича были священниками. В семинарии, а затем в Киевской духовной академии обучался и отец Василия Афанасий Демьянович, но он, отказавшись от духовной карьеры, служил в Генеральной войсковой канцелярии в должности полкового писаря, выйдя затем в отставку в звании секунд-майора. Василий Афанасьевич, будучи человеком выдающимся (владел русским, латинским, греческим, немецким и польским языками), сумел приобрести к 1792 году дворянство и сменил родовую фамилию «Яновский» на дворянскую «Гоголь-Яновский». Его общественное положение было закреплено женитьбой на дочери бунчукового товарища С. С. Лизогуба. С одной стороны Лизогуб был зятем переяславского полковника Василия Танского, с другой стороны приходился родным внуком гетману Скоропадскому и, получив в наследство богатые земельные наделы, принадлежал к верхушке киевского общества. В приданое за женой Афанасий Гоголь-Яновский приобрёл несколько десятков крестьянских дворов, в которых, по ведомости 1782 года, насчитывалось 268 крепостных.
Согласно семейной традиции Василий обучался в Полтавской семинарии. Проработав некоторое время по почтовому ведомству, он вышел в 1805 году отставку в звании коллежского асессора и удалился в собственное имение Васильевку (Яновщина), чтобы посвятить себя хозяйству.
Василий Афанасьевич был дружен с Дмитрием Прокофьевичем Трощинским, министром и членом Государственного совета, дальним родственником Гоголь-Яновских. По выходе в отставку, Трощинский поселился в своём поместье Кибинцы. Василий Гоголь-Яновский 1812—1825 годах был директором и актёром домашнего театра Трощинского, для которого написал (между 1822—1825 годами) несколько водевилей из украинского народного быта и сказок. До нас дошёл только «Простак, или Хитрость женщины, перехитренная солдатом» (опубликована в журнале «Основа», 1862). О содержании водевиля «Собака-овца» сохранились воспоминания современников. Василий Гоголь писал также стихи на русском и украинском языках. Василий Гоголь-Яновский дружил с Котляревским, Капнистом, знал Гнедича, Нарежного. Александр Данилевский отмечал, что Василий Гоголь был «бесподобный рассказчик».
Жена: Косяровская Мария Ивановна.
Дети: