Воспитанник читинского футбола, один из старожилов «Томи», многолетний капитан команды, за которую выступал с 1999 по 2010 год. В 2004 году был признан лучшим игроком «Томи». Любимец томских болельщиков, дольше всех из действующих футболистов играл за «Томь».
В межсезонье-2007 появилась информация о том, что Янотовским интересуется «Локомотив», но в команду Анатолия Бышовца Василий так и не перешёл.
С приходом Дмитрия Мичкова Янотовский не всегда стал выходить на поле в стартовом составе. Итогом этого стал переход в середине сезона 2010 года в команду из Хабаровска СКА-Энергия..
В марте 2011 года перешёл в «Кузбасс».
В августе 2011 года подписал контракт с клубом Симург из Азербайджана, который недавно возглавил Сергей Юран..
27 февраля 2012 года после отставки Юрана с поста главного тренера "Симурга" принял решение покинуть клуб и вернуться в «Кузбасс».
Женат. Есть дочь.