Родился 9 апреля 1921 года в г. Таганроге в семье рабочего.
Образование среднее, в 1938 году окончил 10 классов школы в г. Таганроге.
В Красной Армии с 1938 года. В 1940 году окончил Краснодарское военное авиационное училище штурманов. Член КПСС с 1942 года.
На фронте Великой Отечественной войны с июня 1941 года. Штурман звена 10-го отдельного разведывательного авиационного полка капитан Кононенко к июлю 1943 года совершил 196 боевых вылетов на бомбардировку военных объектов, скоплений войск противника. Из них более 80 — были отданы дальней разведке. На своем самолете «Пе-2» штурман В. И. Кононенко вместе с командиром экипажа — лётчиком капитаном В. П. Лукьянцевым постоянно контролировали районы Ярцева, Смоленска, Рославля, а иногда прорывались во вражеский тыл вплоть до Орла и дальше. Им было разведано и сфотографировано 55 вражеских аэродромов, большое количество железнодорожных узлов, важных воинских складов и скоплений войск противника. По его разведданным штурмовая и бомбардировочная авиация нанесла ряд сокрушительных ударов по захватчикам.
Только в марте 1943 года, когда войска Западного фронта вели наступательные бои на территории Смоленской области, капитан Кононенко сфотографировал более полутора тысяч квадратных километров вражеской обороны и совместно с другими экипажами Отдельного разведывательного авиаполка обнаружил и заснял новую оборонительную полосу противника в районе Дорогобуж—Спас-Деменск. Все доставляемые им командованию разведывательные сведения были предельно точны и всегда подтверждались аэрофотосъемкой.
В 1946 году окончил Военно-воздушную академию. С 1948 по 1951 годы — адъюнкт кафедры аэронавигации, с 1951 года — преподаватель в той же академии, с 1952 по 1962 годы — старший преподаватель кафедры самолетовождения и штурманской службы, с 1969 по 1973 годы — старший преподаватель кафедры тактики и разведывательной авиации.
Кандидат военных наук, доцент. С 1973 года полковник Кононенко — в запасе. Жил в пгт Монино Щелковского района Московской области. Умер в 1998 году.